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J-GLOBAL ID：202102289848641806   整理番号：21A0211547

増強された酸化-RNA結合に向けたRNA結合蛋白質の計算進化【JST・京大機械翻訳】

Computational evolution of an RNA-binding protein towards enhanced oxidized-RNA binding

著者 (11件)： Gonzalez-Rivera Juan C. (McKetta Department of Chemical Engineering, The University of Texas, 200 E. Dean Keeton Street Stop C0400, Austin, TX 78712, United States) ,  Orr Asuka A. (Artie McFerrin Department of Chemical Engineering, Texas A&M University, 3122 TAMU Room 200, College Station, TX 77843, United States) ,  Engels Sean M. (McKetta Department of Chemical Engineering, The University of Texas, 200 E. Dean Keeton Street Stop C0400, Austin, TX 78712, United States) ,  Jakubowski Joseph M. (Artie McFerrin Department of Chemical Engineering, Texas A&M University, 3122 TAMU Room 200, College Station, TX 77843, United States) ,  Sherman Mark W. (Institute of Cellular and Molecular Biology, The University of Texas at Austin, 100 E 24th Street, Stop A5000, Austin, TX 78712, United States) ,  O’Connor Katherine N. (McKetta Department of Chemical Engineering, The University of Texas, 200 E. Dean Keeton Street Stop C0400, Austin, TX 78712, United States) ,  Matteson Tomas (Institute of Cellular and Molecular Biology, The University of Texas at Austin, 100 E 24th Street, Stop A5000, Austin, TX 78712, United States) ,  Woodcock Brendan C. (Artie McFerrin Department of Chemical Engineering, Texas A&M University, 3122 TAMU Room 200, College Station, TX 77843, United States) ,  Contreras Lydia M. (McKetta Department of Chemical Engineering, The University of Texas, 200 E. Dean Keeton Street Stop C0400, Austin, TX 78712, United States) ,  Contreras Lydia M. (Institute of Cellular and Molecular Biology, The University of Texas at Austin, 100 E 24th Street, Stop A5000, Austin, TX 78712, United States) ,  Tamamis Phanourios (Artie McFerrin Department of Chemical Engineering, Texas A&M University, 3122 TAMU Room 200, College Station, TX 77843, United States)
資料名： Computational and Structural Biotechnology Journal  (Computational and Structural Biotechnology Journal)
巻： 18  ページ： 137-152  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3522A  ISSN： 2001-0370  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAの酸化は多くの疾患の発症に関与している。4つのリボヌクレオチドの中で,グアノシンは酸化に最も感受性が高く,8-オキソ-7,8-ジヒドログアノシン(8-オキソG)の生成をもたらした。細胞が酸化RNAの有害な効果をどのように調節するかについての限られた知識にもかかわらず,その調節に関与する細胞因子が同定されている。これらの因子の1つは,RNAターンオーバーに関与する多機能酵素であるポリヌクレオチドホスホリラーゼ(PNPアーゼ)である。本研究において,8-オキソG識別の機構への洞察を提供するために,原子詳細におけるPNPアーゼと8-オキソGの相互作用を調べた。PNPアーゼサブユニットはPNPアーゼホモトリマーの中心チャンネル内の動的SFFループを用いて結合部位を形成するために協調すると仮定した。有益な変異のライブラリーから突然変異体を初期にスクリーニングし,マルチナノ秒分子動力学シミュレーションを用いてそれらの相互作用を評価した新規アプローチを用いてこの部位を進化させた。著者らは,この単一部位の進化が1.2と1.5の間の8-オキソG親和性と1.5と1.9の間の選択性の折畳み変化をもたらすことを見出した。8-オキソG結合の改善に加えて,変異体PNPアーゼを発現するプラスミドによるK12Δpnpの相補性はH_2O_2に対する細胞耐性を増加させた。この観察はRNA酸化と細胞生存の分子識別の間の明確な関連を提供する。さらに,本研究は,合成生物学およびエピトランスクリプトームにおける潜在的用途を有する修飾RNA蛋白質読取装置の操作のためのフレームワークを提供する。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *酸化 ,  相互作用 ,  *RNA【核酸】 ,  ポリリボヌクレオチドヌクレオチジルトランスフェラーゼ ,  リボヌクレオチド ,  折畳み ,  結合部位 ,  ターンオーバー ,  プラスミド ,  親和性 ,  分子認識 ,  酸化ストレス ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： 細胞生存 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ポリヌクレオチドホスホリラーゼ(PNPアーゼ) ,  PNPアーゼ構造 ,  PNPアーゼ認識 ,  RNA酸化 ,  8-オキソ-78-ジヒドログアノシン ,  酸化ストレス ,  MDシミュレーション

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (1件)： グアノシン

タイトルに関連する用語 (6件)： 増強 ,  酸化 ,  RNA結合 ,  RNA結合蛋白質 ,  計算 ,  進化