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J-GLOBAL ID：202102289857753473   整理番号：21A1373806

MSAP-NGS結合技術によるエピジェネティック解析:ホワイトポプラ単クローン集団/スタンドの事例研究【JST・京大機械翻訳】

Epigenetic Analysis through MSAP-NGS Coupled Technology: The Case Study of White Poplar Monoclonal Populations/Stands

著者 (4件)： Guarino Francesco (Department of Chemistry and Biology “A. Zambelli”, University of Salerno, via Giovanni Paolo II 132, 84084 Fisciano (SA), Italy) ,  Heinze Berthold (Department of Forest Genetics, Austrian Federal Research Centre for Forests, 1131 Vienna, Austria) ,  Castiglione Stefano (Department of Chemistry and Biology “A. Zambelli”, University of Salerno, via Giovanni Paolo II 132, 84084 Fisciano (SA), Italy) ,  Cicatelli Angela (Department of Chemistry and Biology “A. Zambelli”, University of Salerno, via Giovanni Paolo II 132, 84084 Fisciano (SA), Italy)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 19  ページ： 7393  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 過去数十年にわたり,いくつかの証拠は,後成的修飾が表現型を調節し,環境刺激に対する生物応答を仲介することを示した。植物DNAは通常高度にメチル化されているが,種間には顕著な差異が存在する。DNAメチル化状態を分析するためにPCRに基づく多くの生体分子技術が開発されているが,次世代シークエンシング(NGS)の出現により定性的なリープがなされた。高レベルのDNAメチル化を特徴とする大規模,反復性または非-配列化ゲノムの場合,重亜硫酸塩前処理DNAのNGS分析は高価で時間がかかり,さらにいくつかの場合,データ解析が主要な課題である。メチル化感受性増幅多型(MSAP)分析はDNAメチル化を研究するための非常に有効な方法である。この方法は,メチル化パターン変化を明らかにするために,二重DNA消化プロファイル(EcoRI-HpaIIとEcoRI-MspI)の比較に基づく。これらは,しばしば,それらの寿命の間,すべての生物に影響する土壌気候とストレス条件に起因する。本研究では,5つの白ポプラ(Populus alba L.)試料を,Maltese arcipelagoの異なるモノクローナル林分から収集し,それらのDNAを,MSAP分析をNGSによって追跡する革新的アプローチによって処理した。これにより,異なる試料間で差次的にメチル化され,それらを特異的生化学的経路にリンクする遺伝子を同定することができた。多くの異なるメチル化遺伝子が,光合成または光反応経路に関連する移動RNA(tRNA)をコードすることを見出した。著者らの結果は,このコンビナトリアル法がP.albaのような非配列ゲノムのエピジェネティック研究に適し(研究の時間において),おそらく異なるおよび変化する土壌気候条件に起因するストレスに関連する後成的変化を同定し,ポプラが曝露されていることを明確に実証した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： メチル化 ,  DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  tRNA ,  遺伝子 ,  光合成 ,  消化 ,  表現型 ,  亜硫酸水素塩 ,  *ハコヤナギ属 ,  *クローン ,  *事例研究 ,  コンビナトリアルケミストリー ,  *エピジェネティクス
準シソーラス用語： DNAメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： MSAP ,  NGS ,  ポプラ ,  エピジェネティック ,  メチル化

分類 (5件)： 腫ようの診断  (GE03020J) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  核酸一般  (EB04010U)

引用文献 (41件)：

• Lukens, L.N.; Zhan, S. The plant genome’s methylation status and response to stress: Implications for plant improvement. Curr. Opin. Plant Biol. 2007, 10, 317-322.
• Foret, S.; Kucharski, R.; Pellegrini, M.; Feng, S.; Jacobsen, S.E.; Robinson, G.E.; Maleszka, R. DNA methylation dynamics, metabolic fluxes, gene splicing, and alternative phenotypes in honeybees. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 4968-4973.
• Labra, M.; Ghiani, A.; Citterio, S.; Sgorbati, S.; Sala, F.; Vannini, C.; Ruffini-Castiglione, M.; Bracale, M. Analysis of cytosine methylation pattern in response to water deficit in pea root tips. Plant Biol. 2002, 4, 694-699.
• Yi, S.V. Insights into epigenome evolution from animal and plant methylomes. Genome Biol. Evol. 2017, 9, 3189-3201.
• Putiri, E.L.; Robertson, K.D. Epigenetic mechanisms and genome stability. Clin. Epigenetics 2010, 2, 299-314.

タイトルに関連する用語 (8件)： エピジェネティック ,  解析 ,  ホワイト ,  ポプラ ,  クローン ,  集団 ,  スタンド ,  研究