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J-GLOBAL ID：202102290410880641   整理番号：21A1359059

細菌斑点(Xanthomonas perforans)レースT4に耐性のトマト遺伝子型のトランスクリプトームに基づく解析【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome-Based Analysis of Tomato Genotypes Resistant to Bacterial Spot (Xanthomonas perforans) Race T4

著者 (3件)： Shi Rui (Department of Horticultural Science, Mountain Horticultural Crops Research & Extension Center, North Carolina State University, Mills River, NC 28759, USA) ,  Shi Rui (Department of Crop and Soil Science, North Carolina State University, Raleigh, NC 27695-7620, USA) ,  Panthee Dilip R. (Department of Horticultural Science, Mountain Horticultural Crops Research & Extension Center, North Carolina State University, Mills River, NC 28759, USA)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 11  ページ： 4070  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌スポット(BS)はトマトの最も壊滅的な葉の細菌病害の1つであり,Xanthomonasの多重種によって引き起こされる。差次的発現遺伝子(DEG)と転写物に基づく配列変異を研究するために,Xanthomonas perforans T4に対する異なるレベルの耐性を持つ3つのトマト系統のRNA配列決定(RNA-Seq)解析を行った。接種試料と対照試料の間の分析は,耐性遺伝子型Solanum pimpinellifolium PI270443がより多くのDEG(834)を持ち,感受性遺伝子型トマト(S.lycopersicum L)育種系統NC714(373)と中間遺伝子型トマト育種系統NC1CELBR(154)が続くことを明らかにした。遺伝子オントロジー(GO)の用語は,より多くのGO項(51)が耐性遺伝子型PI270443においてアップレギュレートされたDEGに対して濃縮され,より下方制御されたDEG(67)が感受性遺伝子型NC714に富んでいることを明らかにした。生物的ストレス経路におけるDEGは,感受性NC714遺伝子型に対し,よりダウンレギュレートされたDEG(125)と比較して,PI270443に対し,よりアップレギュレートした生物ストレス経路DEG(67)を示した。抵抗性遺伝子型PI270443は病因関連(PR)蛋白質に対して3つの上方制御されたDEGを持ち,感受性遺伝子型NC714は1つの下方制御されたR遺伝子を有する。感受性Heinz 1706の参照ゲノムに対するRNA-Seq読取から呼んだ配列変異は,BSレースT4に対する多重報告抵抗性量的形質遺伝子座(QTL)を持つchr11が2つの耐性系統,PI270443とNC1CELBRの間で同一であり,これら2系統がこの染色体上で同じ耐性QTLを共有することを示唆した。耐性および感受性トマト系統間の配列変異を有するPR耐性蛋白質に対するいくつかの遺伝子座は,chr11上の既知のRx4耐性遺伝子に近く,既知のRx4耐性遺伝子に近いDEGの付加的生物的ストレスも感受性NC714系統から同定された。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  *遺伝子型 ,  染色体 ,  タンパク質 ,  *トマト ,  育種 ,  *Xanthomonas ,  ダウンレギュレーション ,  アップレギュレーション ,  量的形質遺伝子座 ,  病因 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 耐性遺伝子 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 細菌スポット ,  差次的発現遺伝子 ,  RNA-seq ,  SNP/INDEL ,  トマト ,  Xanthomonas perforansレースT4

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (62件)：

• Jones, J.B.; Lacy, G.H.; Bouzar, H.; Stall, R.E.; Schaad, N.W. Reclassification of the xanthomonads associated with bacterial spot disease of tomato and pepper. Syst. Appl. Microbiol. 2004, 27, 755-762.
• Scott, J.W.; Hutton, S.F.; Shekasteband, R.; Sim, S.C.; Francis, D.M. Identification of Tomato Bacterial Spot Race T1, T2, T3, T4, and Xanthomonas gardneri Resistance QTLs Derived from PI 114490 Populations Selected for Race T4, Proceedings of the IV International Symposium on Tomato Diseases, Orlando, FL, USA, 6 February 2015; Paret, M.L., Vallad, G.E., Zhang, S., Jones, J.B., Eds.; International Society for Horticultural Science: Leuven, Belgium, 2015; Volume 1069, pp. 53-58.
• Pei, C.C.; Wang, H.; Zhang, J.Y.; Wang, Y.Y.; Francis, D.M.; Yang, W.C. Fine mapping and analysis of a candidate gene in tomato accession PI128216 conferring hypersensitive resistance to bacterial spot race T3. Theor. Appl. Genet. 2012, 124, 533-542.
• Whalen, M.C.; Wang, J.F.; Carland, F.M.; Heiskell, M.E.; Dahlbeck, D.; Minsavage, G.V.; Jones, J.B.; Scott, J.W.; Stall, R.E.; Staskawicz, B.J. Avirulence gene avrRxv from Xanthomonas campestris pv vesicatoria specifies resistance on tomato line Hawaii-7998. Mol. Plant-Microbe Interact. 1993, 6, 616-627.
• Jones, J.B.; Scott, J.W. Hypersensitive response in tomato to Xanthomonas campestris pv. vesicatoria. Plant Dis. 1986, 70, 337-339.

タイトルに関連する用語 (9件)： 細菌 ,  斑点 ,  Xanthomonas ,  レース ,  耐性 ,  トマト ,  遺伝子型 ,  トランスクリプトーム ,  解析