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J-GLOBAL ID：202102290427541137   整理番号：21A0829540

蛋白質-近接ビオチン化に対するBioIDとTurboIDの比較応用【JST・京大機械翻訳】

Comparative Application of BioID and TurboID for Protein-Proximity Biotinylation

著者 (5件)： May Danielle G. (Enabling Technologies Group, Sanford Research, Sioux Falls, SD 57104, USA) ,  Scott Kelsey L. (Enabling Technologies Group, Sanford Research, Sioux Falls, SD 57104, USA) ,  Campos Alexandre R. (Proteomics Facility, Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute, La Jolla, CA 92037, USA) ,  Roux Kyle J. (Enabling Technologies Group, Sanford Research, Sioux Falls, SD 57104, USA) ,  Roux Kyle J. (Department of Pediatrics, Sanford School of Medicine, University of South Dakota, Sioux Falls, SD 57105, USA)
資料名： Cells (Web)  (Cells (Web))
巻： 9  号： 5  ページ： 1070  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7155A  ISSN： 2073-4409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： BioIDは蛋白質相互作用の同定のための確立された方法であり,生細胞およびいくつかの動物モデルで利用されてきた。しかし,従来の標識期間は,いくつかの応用に対して理想的でないロバストなビオチン化のために1518時間を必要とする。最近,TurboIDとミニTurboと呼ばれる2つの新しいリガーゼをBioIDリガーゼの指向性進化を用いて開発し,過剰なビオチンと10分間のインキュベーション後に強固なビオチン化を生産できた。しかし,ビオチン化,細胞毒性,およびリガーゼ安定性の誘発に関する懸念がある。TurboIDの実際的応用をさらに調べ,BioIDと比較して強度および弱点を確かめるため,BioIDおよびTurboID融合蛋白質を発現するいくつかの安定細胞株を開発し,イムノブロット,免疫蛍光およびビオチン親和性精製に基づくプロテオミクスにより分析した。TurboIDでは,蛋白質不安定性の兆候,外因性ビオチン不在下での持続的ビオチン化,および実際の標識半径の増加を観察した。しかし,TurboIDはBioIDと比較して小胞体内腔で強固なビオチン化を可能にした。ビオチン化の誘導は,ビオチン枯渇培地における増殖とドキシサイクリン誘導発現を結合することにより達成できた。これらの研究は,それらの特定のニーズのための適切なリガーゼと実験プロトコルとしてBioIDベースの方法を利用する研究者を知らせるのに役立つ。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 蛍光 ,  小胞体 ,  リガーゼ ,  親和性 ,  細胞毒性 ,  ロバスト性 ,  インキュベート ,  融合タンパク質 ,  プロテオミクス ,  *ビオチニル化 ,  エノール ,  芳香族ケトン ,  カルボアミド ,  エノン ,  芳香族縮合化合物 ,  アミノアルコール ,  アミノカルボン酸 ,  ケト酸 ,  ジケトン ,  第三アミン ,  第二アルコール ,  ヒドロキシ酸 ,  ヒドロキシケトン ,  ポリオール ,  カルボン酸 ,  窒素複素環化合物 ,  ビタミンB群 ,  ウレア化合物 ,  硫黄複素環化合物
準シソーラス用語： 細胞株 ,  蛋白質間相互作用 ,  生細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 近接ラベリング ,  バイオイド ,  ターボイド ,  ビオチン化 ,  核孔複合体 ,  ラミン

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (2件)： ドキシサイクリン ,  ビオチン

引用文献 (34件)：

• Li, X.W.; Rees, J.S.; Xue, P.; Zhang, H.; Hamaia, S.W.; Sanderson, B.; Funk, P.E.; Farndale, R.W.; Lilley, K.S.; Perrett, S.; et al. New insights into the DT40 B cell receptor cluster using a proteomic proximity labeling assay. J. Biol. Chem. 2014, 289, 14434-14447.
• Yamashita, R.; Kotani, N.; Ishiura, Y.; Higashiyama, S.; Honke, K. Spatiotemporally-regulated interaction between beta1 integrin and ErbB4 that is involved in fibronectin-dependent cell migration. J. Biochem. 2011, 149, 347-355.
• Hung, V.; Zou, P.; Rhee, H.W.; Udeshi, N.D.; Cracan, V.; Svinkina, T.; Carr, S.A.; Mootha, V.K.; Ting, A.Y. Proteomic mapping of the human mitochondrial intermembrane space in live cells via ratiometric APEX tagging. Mol. Cell 2014, 55, 332-341.
• Lam, S.S.; Martell, J.D.; Kamer, K.J.; Deerinck, T.J.; Ellisman, M.H.; Mootha, V.K.; Ting, A.Y. Directed evolution of APEX2 for electron microscopy and proximity labeling. Nat. Methods 2015, 12, 51-54.
• Kim, D.I.; Jensen, S.C.; Noble, K.A.; Kc, B.; Roux, K.H.; Motamedchaboki, K.; Roux, K.J. An improved smaller biotin ligase for BioID proximity labeling. Mol. Biol. Cell 2016, 27, 1188-1196.

タイトルに関連する用語 (3件)： 蛋白質 ,  ビオチン化 ,  応用