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J-GLOBAL ID：202102290526487376   整理番号：21A1377228

hTRPM8チャネル上の最適化仮想スクリーニングキャンペーンの実行のための標的プロトコル開発のための分子動力学とドッキングシミュレーションの組み合わせ【JST・京大機械翻訳】

Combining Molecular Dynamics and Docking Simulations to Develop Targeted Protocols for Performing Optimized Virtual Screening Campaigns on the hTRPM8 Channel

著者 (6件)： Talarico Carmine (Dompe Farmaceutici SpA, Via Campo di Pile, 67100 L’Aquila, Italy) ,  Gervasoni Silvia (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche, Universita degli Studi di Milano, Via Mangiagalli, 25, I-20133 Milano, Italy) ,  Manelfi Candida (Dompe Farmaceutici SpA, Via Campo di Pile, 67100 L’Aquila, Italy) ,  Pedretti Alessandro (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche, Universita degli Studi di Milano, Via Mangiagalli, 25, I-20133 Milano, Italy) ,  Vistoli Giulio (Dipartimento di Scienze Farmaceutiche, Universita degli Studi di Milano, Via Mangiagalli, 25, I-20133 Milano, Italy) ,  Beccari Andrea R. (Dompe Farmaceutici SpA, Via Campo di Pile, 67100 L’Aquila, Italy)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 21  号： 7  ページ： 2265  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:最近分解されたTRPM8構造に基づくin silico研究により,今日支持できる合理的な設計である,薬学的興味のTRPM8リガンドへの関心が高まっている。方法:研究は,信頼できるhTRPM8相同性モデルの生成を含み,その信頼性は1.0s MDシミュレーションにより評価したが,これを用いて,次の構造に基づく仮想スクリーニング(VS)キャンペーンのための複数の受容体立体配座を生成した。ドッキングシミュレーションは異なるプログラムを利用して,選択したフレームのすべての単量体を含んだ。計算したドッキングスコアをEFOアルゴリズムに基づくコンセンサスアプローチによって組み合わせた。結果:得られたモデルは,非常に満足な性能を明らかにした。LiGenは試験したドッキングプログラムの中で最良の結果を与えた。4つの単量体からのドッキング結果の組合せは,計算コンセンサスモデルに対して顕著な有益な効果を誘導した。結論:発生したhTRPM8モデルは,成功した構造ベースのVS研究に適していると思われる。結合部位に対する相互作用単量体間のクロストーク調節効果は,全ての単量体で実行されるドッキングシミュレーションを結合することにより説明できた。この戦略は,複数の同一結合ポケットを有する四次蛋白質構造を含むドッキングシミュレーションに対する一般的適用性を有する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  *最適化 ,  *シミュレーション ,  立体配座 ,  計算機シミュレーション ,  信頼性 ,  *ドッキング ,  受容体 ,  単量体 ,  結合部位 ,  *分子動力学 ,  相同性 ,  クロストーク
準シソーラス用語： in silico ,  *バーチャルスクリーニング ,  *ドッキングシミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： TRPM8 ,  ドッキングシミュレーション ,  構造ベース仮想スクリーニング ,  多重受容体立体配座 ,  コンセンサスアプローチ ,  LiGenプラント ,  EFO

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

引用文献 (41件)：

• Voet, T.; Owsianik, G.; Nilius, B. TRPM8. Handb. Exp Pharm. 2007, 179, 329-344.
• Almaraz, L.; Manenschijn, J.-A.; de la Peña, E.; Viana, F. TRPM8. Mammalian Transient Receptor Potential (TRP) cation Channels; Nilius, B., Flockerzi, V., Eds.; Springer: Berlin, Germany, 2014.
• García-Ávila, M.; Islas, L.D. What is new about mild temperature sensing? A review of recent findings. Temperature 2019, 6, 132-141.
• Señarís, R.; Ordás, P.; Reimúndez, A.; Viana, F. Mammalian cold TRP channels: Impact on thermoregulation and energy homeostasis. Pflug. Arch. 2018, 470, 761-777.
• Moore, C.; Gupta, R.; Jordt, S.E.; Chen, Y.; Liedtke, W.B. Regulation of Pain and Itch by TRP Channels. Neurosci. Bull. 2018, 34, 120-142.

タイトルに関連する用語 (10件)： チャネル ,  最適化 ,  仮想スクリーニング ,  キャンペーン ,  標的 ,  プロトコル ,  開発 ,  分子動力学 ,  ドッキングシミュレーション ,  組み合わせ