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J-GLOBAL ID：202102290616205651   整理番号：21A0017856

パノイドグラスにおける日周遺伝子調節の種間解析は既知および新規調節モチーフを同定する【JST・京大機械翻訳】

Interspecific analysis of diurnal gene regulation in panicoid grasses identifies known and novel regulatory motifs

著者 (10件)： Lai Xianjun (Center for Plant Science Innovation & Department of Agronomy and Horticulture, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, USA) ,  Lai Xianjun (College of Agricultural Sciences, Xichang University, Xichang, China) ,  Bendix Claire (Department of Plant & Microbial Biology, University of California Berkeley, Berkeley, USA) ,  Bendix Claire (Plant Gene Expression Center, USDA-ARS, Albany, USA) ,  Yan Lang (Center for Plant Science Innovation & Department of Agronomy and Horticulture, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, USA) ,  Yan Lang (College of Agricultural Sciences, Xichang University, Xichang, China) ,  Zhang Yang (Center for Plant Science Innovation & Department of Agronomy and Horticulture, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, USA) ,  Schnable James C. (Center for Plant Science Innovation & Department of Agronomy and Horticulture, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, USA) ,  Harmon Frank G. (Department of Plant & Microbial Biology, University of California Berkeley, Berkeley, USA) ,  Harmon Frank G. (Plant Gene Expression Center, USDA-ARS, Albany, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-17  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 概日時計は内因性24時間リズムを駆動し,昼夜(日周)サイクルを通して環境の変化の予測と反復変化に適応し,準備する。Arabidopsis thalianaの概日時計の多くの構成要素は機能的に特性化されているが,トウモロコシやモロコシのような主要な作物を含む草種における概日時計についてはほとんど知られていない。蛋白質相同性と日周遺伝子発現パターンに基づく比較研究は,草本におけるいくつかの予測時計成分の機能がArabidopsis対応物で保存され,一方,他のものは機能で分岐したことを示唆する。3つのパニコイドグラスソルガム,トウモロコシ,およびキツキビワにおける日周遺伝子発現の解析は,コア概日時計遺伝子および全体的トランスクリプトームに対する発現の保存および分岐進化を明らかにした。これらの草本におけるコア概日時計遺伝子のいくつかのクラスはArabidopsisと比較してコピー数が異なるが,トウモロコシパラロガス遺伝子の顕著な例外で蛋白質配列と日周発現パターンの両方の保存を示すことを見出した。27,196のオルソロガスシンテニー遺伝子のサブセットに対する日周共発現クラスターの同定により,トウモロコシ,およびアワビキビの間で共有された保存シス調節モチーフを予測した。この解析では,バックグラウンド変化を制御するCochran-Mantel-Haenszelベースの方法は,共通の生理学的活性で機能すると予測される共有された日周調節を持つ遺伝子のプロモーター領域において,予想および新規6-8ヌクレオチドモチーフの両方に対する有意な濃縮を同定した。本研究は,パナコイド草種におけるシンテニックオルソロガス遺伝子を横断する概日時計と日周調節ネットワークの発散と保存を説明する。さらに,保存された局所調節配列は,日周遺伝子発現の保存パターンを生成するこれらの日周調節ネットワークの構造に寄与する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ガラス ,  アミノ酸配列 ,  *遺伝子 ,  タンパク質 ,  クラスタ ,  *遺伝的調節 ,  プロモーター領域 ,  モロコシ ,  遺伝子発現 ,  相同性 ,  Arabidopsis ,  Arabidopsis thaliana ,  トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 共発現 ,  概日時計 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 概日時計 ,  日周期 ,  偶数元素イネ科牧草 ,  共発現クラスタ ,  調節モチーフオーソロガス遺伝子シンテニック遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (91件)：

• PLoS Biol; A morning-specific phytohormone gene expression program underlying rhythmic plant growth; TP Michael, G Breton, SP Hazen, H Priest, TC Mockler, SA Kay, J Chory; 6; 9; 2008; citation_id=CR1
• Plant Cell Environ; Modulation of environmental responses of plants by circadian clocks; CT Hotta, MJ Gardner, KE Hubbard, SJ Baek, N Dalchau, D Suhita, AN Dodd, AA Webb; 30; 3; 2007; 333-349; citation_id=CR2
• Cold Spring Harb Perspect Biol; The plant circadian clock: from a simple timekeeper to a complex developmental manager; SE Sanchez, SA Kay; 8; 12; 2016; a027748; citation_id=CR3
• PLoS One; Maize global transcriptomics reveals pervasive leaf diurnal rhythms but rhythms in developing ears are largely limited to the core oscillator; KR Hayes, M Beatty, X Meng, CR Simmons, JE Habben, ON Danilevskaya; 5; 9; 2010; citation_id=CR4
• PLoS One; Global profiling of rice and poplar transcriptomes highlights key conserved circadian-controlled pathways and cis-regulatory modules; SA Filichkin, G Breton, HD Priest, P Dharmawardhana, P Jaiswal, SE Fox, TP Michael, J Chory, SA Kay, TC Mockler; 6; 6; 2011; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 遺伝子調節 ,  解析 ,  調節 ,  モチーフ ,  同定