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J-GLOBAL ID：202102291037072444   整理番号：21A2363357

Juglans regiaとJ.microcarpaゲノムにおける保存miRNAとそれらの推定標的遺伝子のコンピュータ同定と比較解析【JST・京大機械翻訳】

Computational Identification and Comparative Analysis of Conserved miRNAs and Their Putative Target Genes in the Juglans regia and J. microcarpa Genomes

著者 (5件)： Wang Le ,  Zhu Tingting ,  Deal Karin R. ,  Dvorak Jan ,  Luo Ming-Cheng
資料名： Plants (Web)  (Plants (Web))
巻： 9  号： 10  ページ： 1330  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7261A  ISSN： 2223-7747  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロRNA(miRNAs)は,植物および動物における蛋白質コード遺伝子の転写後調節のための重要な因子である。それらは,配列小RNAまたは計算のいずれかによって発見された。Persian(English)クルミ,Juglans regia,およびその北アメリカ野生株J.microcarpaにおける保存miRNAとそれらの標的遺伝子を同定するために配列相同性に基づく計算アプローチを採用した。全部で119のmiRNA前駆体(pre-miRNAs)をJ.regiaゲノムで検出し,J.microcarpaゲノムとmiRNA標的遺伝子の121を予測し,それらの機能的アノテーションを両ゲノムで実施した。J.regiaゲノムでは,325の異なる遺伝子が標的であった。87.08%は翻訳抑制によって転写物切断と12.92%によって制御された。J.microcarpaゲノムでは,316の異なる遺伝子が標的であった。88.92%は転写物切断により調節され,11.08%は翻訳抑制により調節された。全耐性遺伝子類似体(RGA)の1.3%と2.0%,全転写因子(TFs)の2.7%と2.6%は,それぞれJ.regiaとJ.microcarpaゲノムのmiRNAにより調節された。Juglansゲノムは全ゲノム重複(WGD)により進化し,8対の分画された相同染色体から成る。各対内で,より大きな平均転写を持つより多くの遺伝子を持つ染色体は,そのホモエロゲより,より多くのプレmiRNAsとより多くの標的遺伝子を保有している。J.regiaとJ.microcarpaゲノム間のプレmiRNAsではわずかな差しか検出されなかったが,プレmiRNA遺伝子座の約1/3は各ゲノム内の相同染色体間で保存されなかった。プレmiRNAとそれらの対応する標的遺伝子は,サブゲノム内に配置する傾向を示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 動物 ,  *遺伝子 ,  染色体 ,  タンパク質 ,  *ゲノム ,  前駆体 ,  遺伝子重複 ,  野生型 ,  転写因子 ,  *コンピュータ ,  アノテーション
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  *標的遺伝子 ,  低分子RNA ,  翻訳抑制 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 同祖 ,  miRNA ,  サブゲノム ,  クルミ

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物の生化学  (EH01050J)

引用文献 (48件)：

• Reinhart, B.J.; Weinstein, E.G.; Rhoades, M.W.; Bartel, B.; Bartel, D.P. MicroRNAs in plants. Genes Dev. 2002, 16, 1616-1626.
• Lee, R.C.; Feinbaum, R.L.; Ambros, V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell 1993, 75, 843-854.
• Reinhart, B.J.; Slack, F.J.; Basson, M.; Pasquinelli, A.E.; Bettinger, J.C.; Rougvie, A.E.; Horvitz, H.R.; Ruvkun, G. The 21-nucleotide let-7 RNA regulates developmental timing in Caenorhabditis elegans. Nat. Cell Biol. 2000, 403, 901-906.
• Aukerman, M.J.; Sakai, H. Regulation of Flowering Time and Floral Organ Identity by a MicroRNA and Its APETALA2-Like Target Genes. Plant Cell 2003, 15, 2730-2741.
• Brennecke, J.; Hipfner, D.R.; Stark, A.; Russell, R.B.; Cohen, S.M. bantam Encodes a Developmentally Regulated microRNA that Controls Cell Proliferation and Regulates the Proapoptotic Gene hid in Drosophila. Cell 2003, 113, 25-36.

タイトルに関連する用語 (9件)： Juglans ,  ゲノム ,  保存 ,  miRNA ,  推定 ,  標的遺伝子 ,  コンピュータ ,  同定 ,  解析