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J-GLOBAL ID：202102291818083294   整理番号：21A1532124

国家第一レベル保護動物であるsable(Martes zibellina)の腸内微小生態学を探索するためのメタゲノミクスの戦略の利用【JST・京大機械翻訳】

Harnessing the strategy of metagenomics for exploring the intestinal microecology of sable ( Martes zibellina ), the national first-level protected animal

著者 (5件)： Yan Jiakuo (Qufu Normal University, Qufu, China) ,  Wu Xiaoyang (Qufu Normal University, Qufu, China) ,  Chen Jun (College of Marine Life Science, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Chen Yao (College of Marine Life Science, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Zhang Honghai (Qufu Normal University, Qufu, China)
資料名： AMB Express (Web)  (AMB Express (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 1-16  発行年： 2020年 
JST資料番号： U8200A  ISSN： 2191-0855  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 科のMuselidae科のメンバーであるSable(Martes zibellina)は,主にユーラシアの寒冷北部帯に分布する。本研究の目的は,メタゲノムライブラリーに基づく技術によって,スナブルの腸内フローラを調査することであった。図書館は,Illumina HiSeq4000装置上で配列された。各試料の有効配列決定データは6000M以上で,生読取に対するクリーン読取の比率は98%以上であった。全ORF長さは約603,031で,347.36Mbpに相当した。KEGGデータベースを用いて遺伝子機能を調べ,全試料にわたって129,788遺伝子から成る7140KEGGオーソログ(KO)群を同定した。クラスタ熱マップを構築するために最も高い存在量を持つ遺伝子のサブセットを選択した。KEGG代謝経路アノテーションの結果から,代謝のカテゴリー,環境情報処理,遺伝的情報処理,細胞過程および生物系によって表されるように,遺伝子機能に関する情報を得た。次に,CAZyデータベースによる遺伝子機能を調べ,sableの腸微生物の遺伝子に対応する機能的炭水化物ヒドロラーゼを同定した。この知見は,できるが寒冷環境に適応し,その代謝活性を維持するために大量のエネルギーを必要とするという事実と一致する。また,卵NOGデータベースによる遺伝子機能を調べた。遺伝子の主要な機能は,遺伝子重複,組換えと修復,アミノ酸の輸送と代謝,および炭水化物の輸送と代謝を含んだ。本研究では,メタゲノム配列決定法に基づき,全メタゲノムデータを用い,CAZy,KEGG,および卵NOGのような既存データベースにおける既知遺伝子または経路に得られた配列をマッピングするために,メタゲノム配列決定法に基づき,sableの微生物集団の複雑な構造を同定することを試みた。次に,マッピングされた機能的カテゴリーに基づく微生物群集の遺伝的組成と機能的多様性を調査した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  微生物 ,  アミノ酸 ,  遺伝 ,  遺伝子 ,  ヒドロラーゼ ,  代謝経路 ,  クラスタ ,  *生態学 ,  アノテーション
準シソーラス用語： オルソログ ,  *メタゲノミクス ,  メタゲノム ,  KEGG ,  遺伝子機能 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (70件)：

• Nat Commun; Microbiota-derived acetate protects against respiratory syncytial virus infection through a GPR43-type 1 interferon response; KH Antunes, JL Fachi, R Paula, EF Silva, LP Pral, A Santos, GBM Dias, JE Vargas, R Puga, FQ Mayer, F Maito, CR Zárate-Bladés, NJ Ajami, MR Sant’Ana, T Candreva, HG Rodrigues, M Schmiele, MTP Silva Clerici, JL Proença-Modena, AT Vieira, CR Mackay, D Mansur, MT Caballero, J Marzec, J Li, X Wang, D Bell, FP Polack, SR Kleeberger, RT Stein, MAR Vinolo, APD Souza; 10; 1; 2019; 3273; 10.1038/s41467-019-11152-6; citation_id=CR1
• Biomed Res Int; Probiotic Species in the Modulation of Gut Microbiota: An Overview; MAK Azad, M Sarker, T Li, J Yin; 2018; 2018; 9478630-9478630; 10.1155/2018/9478630; citation_id=CR2
• AMB Express; The influence of in vitro pectin fermentation on the human fecal microbiome; S-J Bang, G Kim, MY Lim, E-J Song, D-H Jung, J-S Kum, Y-D Nam, C-S Park, D-H Seo; 8; 1; 2018; 98; 10.1186/s13568-018-0629-9; citation_id=CR3
• Trends in Molecular Medicine; Antibiotic-Induced Changes in the Intestinal Microbiota and Disease; S Becattini, Y Taur, EG Pamer; 22; 6; 2016; 458-478; 10.1016/j.molmed.2016.04.003; citation_id=CR4
• Microbiome; Metaproteomics reveals persistent and phylum-redundant metabolic functional stability in adult human gut microbiomes of Crohn’s remission patients despite temporal variations in microbial taxa, genomes, and proteomes; JA Blakeley-Ruiz, AR Erickson, BL Cantarel, W Xiong, R Adams, JK Jansson, CM Fraser, RL Hettich; 7; 1; 2019; 18; 10.1186/s40168-019-0631-8; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (9件)： 国家 ,  動物 ,  Martes ,  腸 ,  微小 ,  生態 ,  探索 ,  メタゲノミクス ,  戦略