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J-GLOBAL ID：202102292172570499   整理番号：21A2172214

植物RNASniffer:植物における長い遺伝子間非コードRNAを予測するためのSVMに基づくワークフロー【JST・京大機械翻訳】

PlantRNA_Sniffer: A SVM-Based Workflow to Predict Long Intergenic Non-Coding RNAs in Plants

著者 (9件)： Vieira Lucas Maciel (Departamento de Ciencia da Computacao, Universidade de Brasilia, Brasilia-DF 70910-900, Brasil) ,  Grativol Clicia (Laboratorio de Quimica e Funcao de Proteinas e Peptideos, Universidade Estadual do Norte Fluminense, Campos dos Goytacazes-RJ 28013-602, Brazil) ,  Thiebaut Flavia (Instituto de Bioquimica Medica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 21941-901, Brazil) ,  Carvalho Thais G. (Instituto de Bioquimica Medica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 21941-901, Brazil) ,  Hardoim Pablo R. (Instituto de Bioquimica Medica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 21941-901, Brazil) ,  Hemerly Adriana (Instituto de Bioquimica Medica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 21941-901, Brazil) ,  Lifschitz Sergio (Departamento de Informatica, Pontificia Universidade Catolica do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 22451-900, Brazil) ,  Ferreira Paulo Cavalcanti Gomes (Instituto de Bioquimica Medica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro-RJ 21941-901, Brazil) ,  Walter Maria Emilia M. T. (Departamento de Ciencia da Computacao, Universidade de Brasilia, Brasilia-DF 70910-900, Brasil)
資料名： Non-Coding RNA (Web)  (Non-Coding RNA (Web))
巻： 3  号： 1  ページ： 11  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7254A  ISSN： 2311-553X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非コードRNA(ncRNAs)は,生物の細胞中で産生された転写産物の重要なセットを構成する。それらの中で,遺伝子調節および他の細胞過程において必須の役割を果たす可能性がある,いわゆる長い遺伝子間ncRNA(lincRNA)を予測するのが困難な長いncRNAの特別なクラスがある。これらのlincRNAの重要性にもかかわらず,まだ生物学的知識の欠如があり,現在,考慮された少数の計算法は,それらが本来設計されたものと異なる他の種にうまく適用できないので特異的である。lncRNAの予測は機械学習技術で行った。特に,lincRNA予測のために,教師つき学習法を最近の文献で探索した。知る限りでは,植物におけるlincRNAを予測するために特別に設計された方法やワークフローはない。この文脈において,本研究は,機械学習技術とともに既知のバイオインフォマティクスツールを含むワークフローを考慮して,植物上のlincRNAを予測するワークフローを提案し,ここではサポートベクトルマシン(SVM)を提案した。サトウキビ(Saccharum spp.)およびトウモロコシ(Zea mays)における新規lincRNAの同定を可能にする2つの事例研究を検討した。これらの結果から,病原性及び有益な微生物に提出されたサトウキビ及びトウモロコシ植物における差次的発現lincRNAを同定した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 微生物 ,  *遺伝子 ,  サトウキビ ,  教師つき学習 ,  病原性 ,  遺伝的調節 ,  事例研究 ,  *ワークフロー ,  サポートベクトルマシン
準シソーラス用語： *非翻訳RNA ,  バイオインフォマティクス ,  転写産物 ,  差次的遺伝子発現 ,  lincRNA ,  機械学習技術 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 長鎖非コードRNA ,  長い遺伝子間非コードRNA ,  植物 ,  サトウキビ ,  トウモロコシ ,  SVMベースのワークフロー ,  生物情報学

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (45件)：

• Bernal, A.; Ear, U.; Kyrpides, N. Genomes OnLine Database (GOLD): A monitor of genome projects worldwide. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 126-127.
• Sabin, L.R.; Delás, M.J.; Hannon, G.J. Dogma derailed: The many influences of RNA on the genome. Mol. Cell 2013, 49, 783-794.
• Wu, J.; Delneri, D.; O’Keefe, R. Non-coding RNAs in Saccharomyces cerevisiae: What is the function? Biochem. Soc. Trans. 2012, 40, 907.
• Ponting, C.P.; Oliver, P.L.; Reik, W. Evolution and functions of long noncoding RNAs. Cell 2009, 136, 629-641.
• Mercer, T.R.; Dinger, M.E.; Mattick, J.S. Long non-coding RNAs: Insights into functions. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 155-159.

タイトルに関連する用語 (5件)： 植物 ,  非コードRNA ,  予測 ,  SVM ,  ワークフロー