SwissRegulon

保有機関：

Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland

資源分類：データ・データベース

タグ【対象】 (2件)：ゲノム/遺伝子 , エピジェネティクス

タグ【データの種類】 (3件)：配列 , 発現 , 相互作用/パスウェイ

生物種 (20件)： Bacillus subtilis (NCBI Taxonomy ID: 1423) , Brucella suis (NCBI Taxonomy ID: 29461) , Burkholderia pseudomallei K96243 (NCBI Taxonomy ID: 272560) , Burkholderia thailandensis E264 (NCBI Taxonomy ID: 271848) , Chlamydophila caviae (NCBI Taxonomy ID: 83557) , Corynebacterium glutamicum R (NCBI Taxonomy ID: 340322) , Ehrlichia canis (NCBI Taxonomy ID: 944) , Escherichia coli (NCBI Taxonomy ID: 562) , Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) , Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090) , Mycobacterium tuberculosis (NCBI Taxonomy ID: 1773) , Neisseria meningitidis (NCBI Taxonomy ID: 487) , Prochlorococcus marinus (NCBI Taxonomy ID: 1219) , Pseudomonas syringae (NCBI Taxonomy ID: 317) , Ralstonia eutropha (NCBI Taxonomy ID: 106590) , Rickettsia typhi 'wilmington' (NCBI Taxonomy ID: 257363) , Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932) , Staphylococcus aureus (NCBI Taxonomy ID: 1280) , Streptococcus pneumoniae (NCBI Taxonomy ID: 1313) , Vibrio cholerae (NCBI Taxonomy ID: 666)

概要：

遺伝子発現調節部位についてのゲノムワイドアノテーションを収載したデータベースです。モデル生物全体のプロモーター領域にある調節モチーフ、プロモーター、およびTF結合部位(TFBS)のゲノムワイドなアノテーションを行っています。予測は、次のものを含むインプットの組み合わせを、ベイズ確率論的に分析することで行われています。i) 実験により決定され、文献で報告された結合部位、ii) 転写因子の配列特異性であって既知のもの、iii) ChIP-chip データおよび ChIP-seq データ、iiii) オーソログノンコーディング領域のアラインメント

作成機関： FAIRsharing

レコード管理者： See the corresponding part in the FAIRsharing record

本レコードの利用条件： Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license

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