バーコード自己報告トランスポゾン呼び出しカードとトランスクリプトームを用いた転写因子結合と遺伝子発現の測定【JST・京大機械翻訳】

Lalli, M. A.; Yen, A.; Thopte, U.; Dong, F.; Moudgil, A.; Chen, X.; Milbrandt, J.; Dougherty, J. D.; Mitra, R. D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204501173648 整理番号：21P0251417

バーコード自己報告トランスポゾン呼び出しカードとトランスクリプトームを用いた転写因子結合と遺伝子発現の測定【JST・京大機械翻訳】

Measuring transcription factor binding and gene expression using barcoded self-reporting transposon calling cards and transcriptomes

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発行年： 2022年02月09日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月09日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

自己報告トランスポゾンを用いたカードカード技術はRNA配列決定によるDNA-蛋白質相互作用の同定を可能にする。非常に強力ではあるが,細胞の集団に関するバルク実験での呼出しカードの現行の実装は技術的に厄介であり,同じゲノム遺伝子座への独立した挿入を同定するために多くの複製を必要とする。ここでは,呼出しカード自体にDNAバーコードを導入することで,細胞のバルク母集団におけるカード実験の呼出しコストと労働要求を大幅に削減した。逆転写中に取り込まれた付加的バーコードは,容易で手頃なプロトコルでの同時トランスクリプトーム測定を可能にする。バーコード自己報告トランスポゾンは,細胞運命特異化,ASCL1,MYOD1,NEUROD2及びNGN1において重要な役割を持つ4つの塩基性ヘリックス-ループ-ヘリックス転写因子のin vitro結合部位を回復することを示した。さらに,転写因子過剰発現の間の同時呼出しカードと転写プロファイリングは,これらの因子のうちの2つの結合部位と遺伝子発現変化の両方を同定した。最後に,バーコード呼出しカードはマウス脳でin vivoで結合を記録できることを示した。要するに,転写因子結合部位のRNAに基づく同定とバーコード化自己報告トランスポゾン呼出しカードとトランスクリプトームによる遺伝子発現は,細胞の集団において遺伝子調節ネットワークを推論する効率的で強力な方法である。【JST・京大機械翻訳】

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入出力装置 , 遺伝学研究法

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