全ゲノムCodon脱最適化による{Phi}X174減衰【JST・京大機械翻訳】

Van Leuven, J. T.; Ederer, M. M.; Burleigh, K.; Scott, L.; Hughes, R. A.; Codrea, V.; Ellington, A. D.; Wichman, H. A.; Miller, C. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204842873265 整理番号：22P0225479

全ゲノムCodon脱最適化による{Phi}X174減衰【JST・京大機械翻訳】

{Phi}X174 Attenuation by Whole Genome Codon Deoptimization

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発行年： 2020年02月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年02月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

蛋白質コード遺伝子の同義変異に作用する自然選択はゲノム組成と進化に影響する。ウイルスにおいて,構造蛋白質をコードする遺伝子における同義変異の導入はウイルス増殖を劇的に減少させ,強力な生きた弱毒ワクチン候補を生成する手段を提供する。しかし,どの組成特徴が選択下にあるか,そして同義変異の組み合わせがウイルス成長にいかに影響するかの理解は,ウイルスを予想し,それらを回復させるのに,どのようにウイルス成長に影響するかの理解が必要である。バクテリオファージ{Phi}X174の全ての非重複遺伝子を,大腸菌宿主でほとんど使用しなかったコドンで系統的に再コードした。組換ウイルスの適応性は,ゲノムに付加的脱最適変異がなされたので,常に線形ではなく,遺伝子間で一貫していないので,減少する。脱最適変異の組み合わせは,構成変異の影響サイズから予想されるよりもウイルス適応度を少なくするか,また,相関する組成特徴のアンタングルメントの困難さを指摘する。同じ遺伝子を最適化することにより著者らのモデルを試験し,コドン使用と適応度の間の関係は最適化には保持せず,野生型{Phi}X174が適応度最適であることを示唆した。本研究は,選択がゲノム全体の同義コドン利用のパターンにいかに作用するかをよりよく理解し,毒性の遺伝的決定因子を研究するための便利なシステムを提供する必要性を強調する。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学 , 遺伝子の構造と化学

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