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J-GLOBAL ID：202202210026953900   整理番号：22A0647918

SPC/E,TIP3P-fb,TIP4P/2005,TIP4P-Ew及びTIP4P-Dにおける正確な溶媒和,イオン結合及び水交換特性による生体分子シミュレーションのための最適化マグネシウム力場パラメータ【JST・京大機械翻訳】

Optimized Magnesium Force Field Parameters for Biomolecular Simulations with Accurate Solvation, Ion-Binding, and Water-Exchange Properties in SPC/E, TIP3P-fb, TIP4P/2005, TIP4P-Ew, and TIP4P-D

著者 (2件)： Grotz Kara K. (Department of Theoretical Biophysics, Max-Planck-Institute of Biophysics, Germany) ,  Schwierz Nadine (Department of Theoretical Biophysics, Max-Planck-Institute of Biophysics, Germany)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 18  号： 1  ページ： 526-537  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マグネシウムは多くの重要なプロセスに必須である。分子動力学シミュレーションによる生理学的プロセスにおけるMg2+を正確に記述するために,正確な力場は基本的である。重要性にもかかわらず,一般的に使用される12-6Lennard-Jonesポテンシャルに基づく力場は,有意な欠点を示した。最近,分極率を陰的に説明する最適化手順によって進展がなされた。得られたミクロMgとナノMg力場(J.Chem)。理論Comput.2021,17,2530-2540は,TIP3P水中の核酸に対する広範囲の実験的溶液特性と結合親和性を正確に再現する。無数のシミュレーション研究は利用可能な水モデルとイオン力場に依存するので,ここでは最適化を拡張し,SPC/E,TIP3P-fb,TIP4P/2005,TIP4P-Ew,およびTIP4P-D水モデルと組み合わせたMg2+パラメータを提供した。各水モデルに対して,Mg2+力場は溶媒和自由エネルギー,最初の水和殻中の酸素までの距離,水和数,MgCl_2溶液中の活量係数誘導体,及び核酸上のリン酸塩酸素への結合親和性及び距離を再現した。2つのパラメータセット:MicroMgはマイクロ秒時間スケールで水交換をもたらし,実験交換速度に整合する。水モデルに依存して,ナノMgは1秒当たり106から108交換の範囲で水交換を加速した。ナノMgパラメータを用いて,結合事象のサンプリングを増強し,Mg2+の収束分布を得,または生体分子シミュレーションにおけるイオン結合部位を予測した。パラメータファイルはhttps://github.com/bio-phys/optimizedMgFFsで自由に利用可能である。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *イオン ,  *最適化 ,  *シミュレーション ,  収束 ,  計算機シミュレーション ,  酸素 ,  *マグネシウム ,  水和 ,  *溶媒和 ,  核酸 ,  *イオン結合 ,  *力の場 ,  水モデル
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *生体分子 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (10件)： SPC ,  溶媒和 ,  イオン結合 ,  水交換 ,  生体分子 ,  シミュレーション ,  最適化 ,  マグネシウム ,  力場 ,  パラメータ