文献

J-GLOBAL ID：202202210705239138   整理番号：22A0739698

動的調節ネットワークの再構築は胚層仕様に関連するシグナル伝達誘導トポロジー変化を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Reconstruction of dynamic regulatory networks reveals signaling-induced topology changes associated with germ layer specification

著者 (9件)： Su Emily Y. (Institute for Cell Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Su Emily Y. (Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Spangler Abby (Institute for Cell Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Bian Qin (Institute for Cell Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Bian Qin (Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Kasamoto Jessica Y. (Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Cahan Patrick (Institute for Cell Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Cahan Patrick (Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Cahan Patrick (Department of Molecular Biology and Genetics, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA)
資料名： Stem Cell Reports  (Stem Cell Reports)
巻： 17  号： 2  ページ： 427-442  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3132A  ISSN： 2213-6711  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写因子(TF)と標的遺伝子の間の調節関係を解明することは,細胞がそれらの同一性と挙動を制御する方法を理解するのに基本的である。残念ながら,既存の計算遺伝子調節ネットワーク(GRN)再構成法は不正確で,計算上の負担であり,動的調節トポロジーを明らかにすることができない。ここでは,動的ネットワークを正確に推論するために単一細胞トランスクリプトミクスを用いる再構成ツールであるEpochを提案した。著者らは,複数のシグナル伝達経路により誘導されるマウス胚性幹細胞(ESC)の有向分化を支えている動的ネットワークを同定するためにEpochを適用し,これらの経路の調節が細胞運命電位をバイアスするトポロジー変化を駆動することを示した。また,Peg3は,中胚葉特異化に有利な多能性ネットワークを再ワイヤすることも分かった。シグナル伝達経路をGRNsと統合することにより,Wnt活性化とPI3K抑制がそれぞれ中胚葉と内胚葉特異化を支配するかを追跡した。最後に,in vitroおよびin vivo中胚葉特異化を区別するパターン形成および軸形成の調節回路を同定した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *位相幾何学 ,  電位 ,  *ネットワーク ,  分化 ,  細胞生理 ,  中胚葉 ,  内胚葉 ,  *細胞情報伝達 ,  転写因子 ,  パターン形成 ,  in vitro実験
準シソーラス用語： トランスクリプトーム解析 ,  細胞運命 ,  単一細胞 ,  動的ネットワーク ,  *遺伝子調節ネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 単一細胞RNA-seq ,  遺伝子調節ネットワーク ,  ネットワーク推論 ,  有向分化 ,  原腸形成 ,  胚様体 ,  Peg3 ,  Wnt

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  発生と分化  (EJ16020W)

タイトルに関連する用語 (7件)： 調節ネットワーク ,  再構築 ,  胚 ,  仕様 ,  シグナル伝達 ,  誘導 ,  トポロジー変化