分子シミュレーションからのhnRNPA1の単鎖および凝縮状態挙動【JST・京大機械翻訳】

Bauer, D. J.; Stelzl, L. S.; Nikoubashman, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202210750898318 整理番号：22P0334430

分子シミュレーションからのhnRNPA1の単鎖および凝縮状態挙動【JST・京大機械翻訳】

Single-chain and condensed-state behavior of hnRNPA1 from molecular simulations

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発行年： 2022年06月24日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年06月24日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

内因性無秩序蛋白質(IDP)は,生体系内で重要な機能的および調節的役割を果たす膜のないオルガネラの形成のための必須成分である。これらの複雑な集合体は,IDPsの液-液相分離によって,時間と共に自発的に形成して溶解する。それらのアミノ酸配列の変異は,それらの相挙動を変化させることができ,それは,筋萎縮性側索硬化症を含む癌や神経変性疾患のような重症疾患の出現にリンクした。本研究では,粗粒陰溶媒分子動力学シミュレーションを用いて,不均一核リボ核蛋白質A1(hnRNPA1)の低複雑性ドメインの立体配座と相挙動を研究した。これらの特性が調べた配列内の芳香族残基の数によってどのように影響を受けるかを系統的に解析した。IDP内の芳香族残基数の増加により,鎖の著しい圧密と臨界温度の増加を見出した。単鎖および凝縮状態シミュレーションを比較して,溶液の推定{θ}-温度より上の温度でさえ,希薄系においてずっと崩壊した高分子立体配座を見出した。これらの観察は,芳香族残基が縮合に主要な役割を果たすという仮説を強く支持し,それは分子間接触の詳細な解析によりさらに裏付けられ,そして逆に,凝縮物の重要な特性が粗粒シミュレーションで捕捉されるという仮説を強く支持する。興味深いことに,静電相互作用により駆動される臨界近傍の凝縮物内の密度不均一性を観察した。最後に,IDP中の疎水性残基の比較的小さな画分が界面張力をもたらし,非混和性単純液体の典型的組合せに比べて著しく低いことを見出した。【JST・京大機械翻訳】

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分子構造 , 遺伝子発現

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