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J-GLOBAL ID：202202212793891266   整理番号：22A0825277

免疫関連疾患:調節性表現型での遺伝的関連が12の免疫関連疾患の原因バリアントの精細マッピングを改善する

Genetic associations at regulatory phenotypes improve fine-mapping of causal variants for 12 immune-mediated diseases

著者 (21件)： KUNDU Kousik (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  TARDAGUILA Manuel (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  MANN Alice L. (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  WATT Stephen (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  PONSTINGL Hannes (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  VASQUEZ Louella (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  SCHILLER Dominique Von (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  ANDERSON Carl A. (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  WALTER Klaudia (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  SORANZO Nicole (Human Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  KUNDU Kousik (Dep. of Haematology, Univ. Cambridge, Cambridge Biomedical Campus, Cambridge, GBR) ,  SORANZO Nicole (Dep. of Haematology, Univ. Cambridge, Cambridge Biomedical Campus, Cambridge, GBR) ,  MORRELL Nicholas W. (Div. of Respiratory Medicine, Dep. of Medicine, Univ. Cambridge School of Clinical Medicine, Addenbrooke’s and Papworth Hospitals, Cambridge, GBR) ,  STEGLE Oliver (Genome Biology Unit, European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU) ,  STEGLE Oliver (Div. of Computational Genomics and Systems Genetics, German Cancer Res. Center, Heidelberg, DEU) ,  STEGLE Oliver (Cellular Genetics, Wellcome Sanger Inst., Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, GBR) ,  PASTINEN Tomi (Genomic Medicine Center, Children’s Mercy Kansas City and Children’s Mercy Res. Inst., Kansas City, MO, USA) ,  SAWCER Stephen J. (Dep. of Clinical Neurosciences, Univ. Cambridge, Cambridge Biomedical Campus, Cambridge, GBR) ,  SORANZO Nicole (British Heart Foundation Centre of Res. Excellence, Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  SORANZO Nicole (National Inst. for Health Res. Blood and Transplant Res. Unit in Donor Health and Genomics, Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  SORANZO Nicole (Genomics Res. Centre, Human Technopole, Milan, ITA)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 54  号： 3  ページ： 251-262  発行年： 2022年03月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 原因となる遺伝的バリアントの解明は,疾患の生物学的性質の理解に役立つ。本論文では,BLUEPRINT,GTEx,eQTLGenのプロジェクトで得られた調節性の量的形質座位(QTL)を用いて,12の免疫関連疾患に関する推定原因バリアントの精細マッピングを行った。その結果,調節性QTLと高い事後確率(≧98%)で共局在する340の固有の座位が見つかり,ベイズの枠組みを適用することで各座位において関連を精細にマッピングすることができた。調節性QTLから導かれる精細マッピングされた信頼できるセットは,疾患の要約統計量を用いた信頼できるセットよりも小さいことが分かった。さらに,それらには,より機能的に解釈可能な原因バリアント候補や,原因と推定される挿入/欠失(INDEL)多型が豊富に含まれていた。また,大量並行レポーターアッセイを用いて,炎症性腸疾患に関連するITGA4座位の原因バリアント候補の評価を行った。総合的に我々の知見から,疾患と共局在する調節性QTLを用いて精細マッピングを行うと,疾患の原因バリアント候補の発見が向上し,原因となる遺伝子や分子機構についての理解が促進されることが示唆された。Copyright Nature Japan KK 2022

シソーラス用語： *遺伝 ,  遺伝子 ,  炎症 ,  *突然変異体 ,  *表現型 ,  事後確率 ,  *病気 ,  統計量 ,  遺伝学実験技術 ,  座位 ,  腸疾患
準シソーラス用語： 炎症性腸疾患 ,  量的遺伝形質 ,  分子機構 ,  *遺伝的関連研究 ,  レポーターアッセイ ,  *微細マッピング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： 免疫 ,  疾患 ,  調節 ,  表現型 ,  遺伝的関連 ,  原因 ,  バリアント ,  精細マッピング