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J-GLOBAL ID：202202212973028965   整理番号：22A0751588

SARS-CoV-2 ORF8結合蛋白質のin silico解析は後天性免疫および自然免疫系におけるORF8の関与を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

In silico Analysis of SARS-CoV-2 ORF8-Binding Proteins Reveals the Involvement of ORF8 in Acquired-Immune and Innate-Immune Systems

著者 (7件)： Takatsuka Hisashi (Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan) ,  Fahmi Muhamad (Research Department, Research Institute for Humanity and Nature, Kyoto, Japan) ,  Fahmi Muhamad (Research Organization of Science and Technology, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan) ,  Hamanishi Kotono (Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan) ,  Sakuratani Takuya (Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan) ,  Kubota Yukihiko (Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan) ,  Ito Masahiro (Department of Bioinformatics, College of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, Japan)
資料名： Frontiers in Medicine (Web)  (Frontiers in Medicine (Web))
巻： 9  ページ： 824622  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7079A  ISSN： 2296-858X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： SARS-CoV-2は新しいタイプのコロナウイルス感染,COVID-19の原因菌であり,世界的に急速に広がった。SARS-CoV-2とSARS-CoVの間の全体的ゲノム配列相同性は79%であった。しかし,これらの2つのコロナウイルス間のORF8蛋白質の相同性は,ΔΨ26%で低かった。以前に,SARS-CoV-2のORF8-欠失変異体による感染は野生型SARS-CoV-2の場合よりも重度の症状をもたらすことを示唆した。ORF8はプロテアソーム自己免疫系に関与することを見出したが,感染および病理学におけるORF8の正確な役割は完全には明らかにされていない。本研究では,以前に記述した47のORF8-結合蛋白質に対する結合蛋白質のin silico分析を行うことにより,ORF8-相互作用蛋白質の新しいネットワークを決定した。STRINGを用いて同定された47のORF8-結合蛋白質と物理的に相互作用したUniprot由来のデータセット431ヒト蛋白質候補として使用した。KEGG OCにおいてゲノム配列が利用できる446の真核生物種について,蛋白質データセットの相同性および系統発生プロファイル解析を行った。系統発生プロファイル結果に基づいて,クラスタ分析をWard法を用いて行った。系統発生プロファイリングは,ORF8-相互作用蛋白質の相互作用体が,脊索動物(Class 1:152蛋白質),後生動物(Class 2:163蛋白質)および真核生物(Class 3:114蛋白質)で保存された3つのクラスにクラスタ化されることを示した。KEGG経路分析に続いて,細胞局在性の分類,組織特異的発現解析,および系統発生プロファイリングクラスタツリーの各クラスに関する文献研究,著者らは,クラス1の蛋白質メンバーが補体と凝固カスケードを介してCOVID-19の病因に寄与し,サルコイドーシスを促進する可能性があると予測した。クラス1と2のメンバーは,インターフェロン-βのダウンレギュレーションに寄与する可能性がある。クラス3蛋白質は小胞体ストレスとヒト白血球抗原の分解と関連する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  ネットワーク ,  *タンパク質 ,  ヌクレオチド配列 ,  ヒト ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  真核生物 ,  欠失突然変異 ,  野生型 ,  インターフェロンβ ,  ダウンレギュレーション ,  プロテアソーム ,  病因
準シソーラス用語： *in silico ,  ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SARS-CoV-2 ,  系統発生プロファイリング ,  免疫回避 ,  COVID-19の病因 ,  ORF8アクセサリー遺伝子

分類 (1件)： ウイルスの生化学  (EG04030F)

引用文献 (24件)：

• Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. New Engl J Med. (2020) 382:727-33. doi: 10.1056/NEJMoa2001017
• Fahmi M, Kubota Y, Ito M. Nonstructural proteins NS7b and NS8 are likely to be phylogenetically associated with evolution of 2019-nCoV. Infect Genet Evolut. (2020) 81:104272. doi: 10.1016/j.meegid.2020.104272
• Boni MF, Lemey P, Jiang X, Lam TT-Y, Perry BW, Castoe TA, et al. Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic. Nat Microbiol. (2020) 5:1408-17. doi: 10.1038/s41564-020-0771-4
• Wu F, Zhao S, Yu B, Chen Y-M, Wang W, Song Z-G, et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. (2020) 579:265-9. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3
• Su YC, Anderson DE, Young BE, Linster M, Zhu F, Jayakumar J, et al. Discovery and genomic characterization of a 382-nucleotide deletion in ORF7b and ORF8 during the early evolution of SARS-CoV-2. mBio. (2021) 11:e01610-20. doi: 10.1128/mBio.01610-20

タイトルに関連する用語 (5件)： SARS-CoV-2 ,  結合蛋白質 ,  解析 ,  免疫 ,  自然免疫