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J-GLOBAL ID：202202213300146797   整理番号：22A0587848

潜在的COVID-19主要プロテアーゼ阻害剤としての植物ベース天然化合物のスクリーニング:in silicoドッキングと分子動力学シミュレーションアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Screening of plant-based natural compounds as a potential COVID-19 main protease inhibitor: an in silico docking and molecular dynamics simulation approach

著者 (2件)： Majumder Ranabir (School of Medical Science and Technology, Indian Institute of Technology Kharagpur, Kharagpur, India) ,  Mandal Mahitosh (School of Medical Science and Technology, Indian Institute of Technology Kharagpur, Kharagpur, India)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 2  ページ： 696-711  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コロナウイルス(CoV)の新しい株は,最近のCOVID-19パンデミックに関与するSARS-CoV-2として同定されている。現在,パンデミックと戦うための承認されたワクチンまたは薬物はない。COVID-19主要プロテアーゼ(Mpro)は重要なCoV酵素であり,ウイルス複製と転写の誘発に重要な役割を果たし,魅力的な標的になる。したがって,著者らは,潜在的COVID-19Mpro阻害剤を発見するために,天然物ライブラリーをスクリーニングすることを目指した。Sigma-Aldrich植物プロファイラ化学ライブラリーからの植物ベース天然化合物を,COVID Mproの潜在的阻害剤を同定するため,仮想分子ドッキングおよび分子動力学シミュレーションによりスクリーニングした。著者らの仮想分子ドッキング結果は,共結晶天然リガンドIn阻害剤N3(-7.9kcal/mol)と比較して,COVID-19Mpro阻害部位に対してより大きな結合親和性を有する28の天然化合物があることを示した。また,分子動力学シミュレーション結果は,ペオニジン3-O-グルコシド,ケンフェロール3-O-β-ルチノシド,4-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-7-メトキシ-5-[(6-O-β-D-キシロピラノシル-β-D-グルコピラノシル)オキシ]-2H-1-ベンゾピラン-2-オン,クエルセチン-3-D-キシロシド,およびケルセチン3-O-α-L-アラビノピラノシド(ドッキングスコアに基づいて選択)が,安定性,柔軟性および結合エネルギーのような顕著な動的性質を有することを確認した。著者らのIn silcoの結果は,上記の全ての天然化合物がCOVID-19Mpro阻害剤として開発される可能性を有することを示唆する。しかし,それの前に,それは更なる科学的検証のために適切な前臨床および臨床試験を下回る必要がある。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ターゲット ,  *計算機シミュレーション ,  *ドッキング ,  ワクチン ,  *ペプチド結合ヒドロラーゼ ,  ウイルス複製 ,  親和性 ,  *プロテイナーゼ阻害剤 ,  *化合物 ,  三次元 ,  *分子動力学 ,  *スクリーニング ,  分子認識
準シソーラス用語： 化合物ライブラリー ,  結合親和性 ,  *分子動力学シミュレーション ,  分子ドッキング ,  共結晶 ,  *天然化合物 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： コロナウイルス(SARS-CoV-2) ,  COVID-19主要プロテアーゼ(Mpro) ,  天然化合物 ,  in silico分子ドッキング(Autodock vina) ,  分子動力学(MD)シミュレーション(Gromacs)

分類 (1件)： 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究  (GW21010W)

タイトルに関連する用語 (7件)： COVID-19 ,  プロテアーゼ阻害剤 ,  植物 ,  天然化合物 ,  スクリーニング ,  ドッキング ,  分子動力学シミュレーション