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J-GLOBAL ID：202202213880247724   整理番号：22A0705908

単一ヌクレオチド分解能でのUdgX媒介ウラシル配列決定【JST・京大機械翻訳】

UdgX-Mediated Uracil Sequencing at Single-Nucleotide Resolution

著者 (30件)： Jiang Liudan (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Jiang Liudan (Shanghai Fifth People’s Hospital, Fudan University, and Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, China) ,  Jiang Liudan (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Yin Jiayong (Institute of Pediatrics and Department of Hematology and Oncology, Children’s Hospital of Fudan University, and Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical ...) ,  Qian Maoxiang (Institute of Pediatrics and Department of Hematology and Oncology, Children’s Hospital of Fudan University, and Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical ...) ,  Rong Shaoqin (Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, China) ,  Zhang Shengqi (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Zhang Shengqi (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Chen Kejing (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Chen Kejing (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Zhao Chengchen (School of Life Science and Technology, Tongji University, China) ,  Tan Yuanqing (Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, China) ,  Guo Jiayin (State Key Laboratory of Reproductive Medicine, Nanjing Medical University, China) ,  Chen Hao (School of Medicine, Southern University of Science and Technology, China) ,  Gao Siyun (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Gao Siyun (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Liu Tingting (State Key Laboratory of Molecular Biology, Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology, China) ,  Liu Yi (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Liu Yi (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Shen Bin (State Key Laboratory of Reproductive Medicine, Nanjing Medical University, China) ,  Yang Jian (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Yang Jian (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Zhang Yong (School of Life Science and Technology, Tongji University, China) ,  Meng Fei-Long (State Key Laboratory of Molecular Biology, Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology, China) ,  Hu Jinchuan (Shanghai Fifth People’s Hospital, Fudan University, and Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, International Co-laboratory of Medical Epigenetics and Metabolism (Ministry of Science and Technology), Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, China) ,  Ma Honghui (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Ma Honghui (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China) ,  Ma Honghui (Research Units of Origin and Regulation of Heart Rhythm, Chinese Academy of Medical Sciences, China) ,  Chen Yi-Han (Department of Cardiology, Shanghai East Hospital, Tongji University School of Medicine, China) ,  Chen Yi-Han (Key Laboratory of Arrhythmias of the Ministry of Education of China, Tongji University School of Medicine, China)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 144  号： 3  ページ： 1323-1331  発行年： 2022年 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAにおける異常塩基として,ウラシルはデオキシウリジン(dU)誤取込またはシトシン脱アミノにより生成され,複数の生理学的および病理学的過程に関与する。ウラシルのゲノムワイドプロファイルはこれらのプロセスの研究に重要である。ウラシルの全ゲノムマッピングに対する現在の方法は,ウラシル-DNA N-グリコシラーゼ(UNG)に依存し,分解能,特異性および/または感度に限定されている。ここでは,単一ヌクレオチド分解能でdUを検出するUdgX架橋とポリメラーゼ失速配列決定(”Ucaps-seq”)法を開発した。最初に,Ucaps-seqの特異性を合成DNAで確認した。次に,この方式の有効性を,異なる源からの2つのゲノムに関して検証した。Ucaps-seqは,グローバルに上昇したウラシルを有するペメトレキセド処理癌細胞におけるdT部位でのdUの濃縮を同定しただけでなく,特異的領域においてdUを増加させた活性化B細胞における「WRC」モチーフ内のdC部位でdUを検出した。最後に,Ucaps-seqを用いてシトシン塩基編集者(nCas9-APOBEC)により導入されたdUを検出し,細胞状況における新規オフターゲット部位を同定した。結論として,Ucaps-seqは,特にベース編集忠実度の評価において,多くの潜在的用途を有する強力なツールである。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 感度 ,  失速 ,  分解能 ,  DNA【核酸】 ,  腫瘍細胞 ,  *ヌクレオチド ,  ゲノム ,  脱アミノ ,  有効性 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物 ,  ヒドロキシ化合物
準シソーラス用語： 特異性 ,  遺伝子マッピング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  生物物理的研究法  (EA03020V) ,  ヌクレオシド,ヌクレオチド  (CF10060K)

物質索引 (3件)： ウラシル ,  ペメトレキセド ,  シトシン

タイトルに関連する用語 (3件)： ヌクレオチド ,  分解能 ,  ウラシル