抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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【背景と目的】神経膠腫は,中枢神経系の原発性悪性脳腫瘍の1つであり,神経膠芽腫は悪性度が高く,浸潤性が強く,再発し易く,再発後の患者の予後は極めて悪い。神経膠芽腫の再発に関連する遺伝子を選別し、神経膠腫における発現、臨床病理学的パラメーターと予後の関係を分析した。方法;GEOデータベースにおける膠芽腫関連データセットをマイニングし、膠芽腫の原発と再発症例を含む関連データセットを選別した。膠芽腫原発症例と再発症例サンプル間の差異発現遺伝子(differentiallyexpressedgene,DEG)を分析した。DEGに対する遺伝子オントロジー機能とシグナル濃縮分析、フレームタンパク質相互作用(protein-proteininteraction、PPI)ネットワーク、Hub遺伝子をスクリーニングした。PPIネットワークとVenn図によりキー遺伝子を選別し、その後、遺伝子発現プロファイルデータ動態分析(GeneExpressionProfilingInteractiveAnalysis)を使用した。GEPIAと中国脳神経膠腫のゲノム地図(ChineseGliomaGenomeAtlas,CGGA)データベースにキー遺伝子の生存分析と発現分析を行い、その発現と神経膠腫の臨床病理パラメーターとの関係を分析した。【結果】GSE62153データセットは,40のDEG,34の上方制御遺伝子,および6つのダウンレギュレーション遺伝子を選別した。GSE58399データセットは,19のDEG,16の上方制御遺伝子,および3つのダウンレギュレーション遺伝子を含んだ。GO機能分析結果により、GSE62153のDEGは主に中枢神経系の発育、ミエリン、アクチン結合及び中枢神経系の髄鞘形成などの11個の生理過程に関与することが示唆された。GSE58399のDEGは主に上皮細胞移動の正の調節に関与する。京都遺伝子とゲノム百科全書(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)の通路の濃縮分析結果を示す。GSE62153とGSE58399のDEGには、共同の濃縮-ヒスチジン代謝がある。STRINGデータベースにより、20個のタンパク質分子をコアPPIに構築し、Hub遺伝子は合計10個を選別し、それぞれMOBP、OPALIN、ERMN、PLP1、MOG、CLDN11、ASPA、TMEM125。KLK6とNKX6-2遺伝子。神経膠芽腫再発の重要な遺伝子選別の結果、3つの遺伝子:ERMN、MOGとMOBP遺伝子を共有する。癌ゲノム地図(TheCancerGenomeAtlas、TCGA)とCGGAデータベースの神経膠腫データ分析に基づき、ERMN、MOGとMOBP遺伝子高発現者の予後は低発現群より優れ、ERMNなどのMOGとMOBP遺伝子は膠芽腫組織内の発現レベルが対照組織より低い(P<0.001)。ERMN、MOGとMOBP遺伝子は異なる世界保健機関(WorldHealthOrganization、WHO)の等級(WHOII、IIIとIV級)の組織内発現に統計学的有意差があった(P<ERMN,MOG,およびMOBP遺伝子の発現は,神経膠芽腫のグレードの増加とともに減少した。ERMN、MOGとMOBP遺伝子発現はWHO分類、イソクエン酸脱水素酵素(isocitratedehydrogenase、IDH)状態及び臨床病理パラメータと相関している(P<0.001)。MOBP遺伝子発現は患者の年齢(P<0.001)及びMGMTのメチル化状態(P=0.022)と相関した。結論:ERMN、MOGとMOBP遺伝子は癌抑制遺伝子作用が神経膠腫再発過程に参与し、ヒスチジン代謝経路はメトトレキサート治療感受性と関係がある可能性がある。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
