文献

J-GLOBAL ID：202202214527818551   整理番号：22A0462900

pyRSD-CoEv:選択的掃引検出および共進化遺伝子クラスタ同定用のPythonパッケージ【JST・京大機械翻訳】

pyRSD-CoEv: A python package for selective sweep detection and co-evolutionary gene cluster identification

著者 (3件)： Zhu Xingxing (Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, 611130, China) ,  Zhang Haoyu (Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, 611130, China) ,  Tang Qianzi (Institute of Animal Genetics and Breeding, College of Animal Science and Technology, Sichuan Agricultural University, Chengdu, 611130, China)
資料名： Animal Genetics  (Animal Genetics)
巻： 53  号： 1  ページ： 161-165  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0281A  ISSN： 0268-9146  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子は,異なる選択的スイープを受け,相互作用し,共進化し,複雑な表現型形質の塩基を形成する。したがって,人工選択的スイープの下にある遺伝子の同定は非常に重要である。しかし,以前の計算法は,密接に関連する品種または異なる種の個体のいずれかの個体群のために設計された。複製のない近縁個体(すなわち,各品種/株)に特に意図されたアプローチは,長すぎる。著者らは,共進化および/または選択に基づくスイープ,pyRSD-CoEvを含む遺伝子の同定を可能にする,遊離,強力,オープンソースパッケージ,pyRSD-CoEvを,ゲノム変異体データのための2つの主な分析ワークフローを含む。(i)相対的ホモ接合単一ヌクレオチド変異体密度(RSD)を用いた選択的掃引の同定;(ii)相関進化速度に基づく共進化遺伝子クラスターの同定。pythonパッケージpyRSD-CoEvはpython3.7を用いて書かれ,https://github.com/QianZiTang/pyRSD-CoEvでgithubウェブサイトから自由に利用可能である。それはLinux上で実行される。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *遺伝子 ,  表現型 ,  ゲノム ,  品種 ,  個体群 ,  ワークフロー ,  Linux
準シソーラス用語： *共進化 ,  *遺伝子クラスタ ,  *Python ,  オープンソース ,  進化速度 ,  ヌクレオチド変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 遺伝子クラスタ ,  高性能コンピューティング ,  選択的掃引

分類 (4件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 掃引 ,  共進化 ,  遺伝子クラスタ ,  同定 ,  Python ,  パッケージ