文献

J-GLOBAL ID：202202214618880061   整理番号：22A0944758

PanClassif:機械学習を用いた単一細胞RNA-seq遺伝子発現データのパン癌分類の改善【JST・京大機械翻訳】

PanClassif: Improving pan cancer classification of single cell RNA-seq gene expression data using machine learning

著者 (6件)： Mahin Kazi Ferdous (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh) ,  Robiuddin Md. (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh) ,  Islam Mujahidul (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh) ,  Ashraf Shayed (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh) ,  Yeasmin Farjana (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh) ,  Shatabda Swakkhar (Department of Computer Science and Engineering, United International University, Plot-2, United City, Madani Avenue, Satarkul, Badda, Dhaka 1212, Bangladesh)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 114  号： 2  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌は,年あたりヒト死亡の主な原因の一つである。近年,機械学習を用いた癌同定と分類は,ハイスループット配列決定データのアベイラビリティにより,運動量を獲得した。RNA-seqを用いて,癌研究は日々開花し,癌および関連治療の新しい洞察は光に来る。本論文では,RNA-seqデータから癌を検出する非常に少数で効果的な遺伝子を必要とする方法,PanClassifを提案し,いくつかの広範囲の機械学習分類器で性能利得を提供できる。8287の癌サンプルと680の正常サンプルを有する癌ゲノムアトラス(TCGA)から22タイプの癌サンプルを採取した。第1に,PanClassifは,データにおけるノイズを取り扱うためにサンプルを平滑化するためにk-最近傍(k-NN)平滑化を使用する。次に,有効遺伝子をAnovaベースの試験によって選択した。列車データのバランスをとるために,PanClassifはオーバーサンプリング法,SMOTEを適用する。いくつかの分類アルゴリズムを用いてデータセットに関する包括的な実験を行った。実験結果は,PanClassifが利用可能な既存の最先端の方法より優れ,Gene Expression Omnibus(GEO)から取得した2つの単一細胞RNA-seqデータセットに対して一貫した性能を示した。PanClassifは,2成分癌予測と多クラス癌分類の両方に対する広範囲の分類器の性能を改善する。PanClassifはpythonパッケージ(https://pypi.org/project/panclassif/)として利用可能である。PanClassifの全てのソースコードと材料はhttps://github.com/Zwei-inc/panclassifで利用可能である。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 雑音 ,  *RNA【核酸】 ,  *遺伝子 ,  *細胞 ,  ヒト ,  アベイラビリティ ,  平滑化 ,  プログラムパッケージ ,  開花 ,  利得 ,  *遺伝学実験技術 ,  *機械学習
準シソーラス用語： アトラス ,  オーバサンプリング ,  ハイスループット ,  *単一細胞 ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 単一細胞RNA-Seq ,  癌検出 ,  分類 ,  機械学習 ,  ソフトウェアパッケージ

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 機械学習 ,  単一細胞 ,  RNA-seq ,  遺伝子発現データ ,  パン ,  癌分類