文献

J-GLOBAL ID：202202215734842337   整理番号：22A0624171

インド,Keralaからのイネ(Oryza sativa L.)在来種の遺伝的多様性と個体群構造は,遺伝子タイピングにより解析した【JST・京大機械翻訳】

Genetic diversity and population structure of rice (Oryza sativa L.) landraces from Kerala, India analyzed through genotyping-by-sequencing

著者 (4件)： Peringottillam Maya (Department of Genomic Science, Central University of Kerala, Kasaragod, Kerala, India) ,  Kunhiraman Vasumathy Smitha (Department of Genomic Science, Central University of Kerala, Kasaragod, Kerala, India) ,  Selvakumar Hari Krishna Kumar (Department of Genomic Science, Central University of Kerala, Kasaragod, Kerala, India) ,  Alagu Manickavelu (Department of Genomic Science, Central University of Kerala, Kasaragod, Kerala, India)
資料名： Molecular Genetics and Genomics  (Molecular Genetics and Genomics)
巻： 297  号： 1  ページ： 169-182  発行年： 2022年 
JST資料番号： C0025C  ISSN： 1617-4615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 研究者は,遺伝的に多様な作物の持続可能な管理のための主要な戦略を開発するための次世代シークエンシング技術の発展と応用の vに立っている。Keralaにおける強力なイネ在来種の分子特性化における既存の研究ラックを埋めることを試みた。遺伝子型決定(GBS)を96Keralaイネ系統で実施し,単一ヌクレオチド多型(SNP)を同定し,遺伝的多様性,個体群構造を調べ,連鎖不平衡(LD)パターンを描写した。GBSは5856の高品質SNPを同定した。構造分析は,主成分分析によって確認される有意な遺伝的分化による個体群クラスタ化のための最も高い確率を有する3つの亜集団を示した。ゲノムワイドLD減衰距離は772kbで,r2はその最大値の半分に低下した。平均多型情報量(PIC)値0.22およびマイナー対立遺伝子頻度(MAF)>0.1を有する同定されたSNPパネルの遺伝特性の解析は,ゲノムワイド関連研究(GWAS)におけるそれらの有効性を明らかにした。高F_ST(0.266)と低Nm(0.692)は,イネ在来種間の強い遺伝的分化を示し,研究した集団で観測される遺伝的構造化を補完した。イネ在来種における遅いLD減衰は,それらの自己受粉行動と家畜化による望ましい形質の間接的選択を反映する。さらに,高いLDは,マーカー-形質会合を検出するためのSNPマーカーの最小数のみを必要とする。本研究で利用した多様な生殖質は,表現型形質に関連する遺伝的変異を明らかにし,それぞれGWASと選択的スイープによる選択のシグネチャを定義するために利用できる。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2021 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  *遺伝 ,  表現型 ,  変異 ,  クラスタ化 ,  *イネ ,  受粉 ,  遺伝的連鎖 ,  *個体群 ,  主成分分析 ,  遺伝子頻度 ,  *在来種 ,  一塩基多型 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： 連鎖不平衡 ,  *個体群構造 ,  遺伝的変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 米在来種 ,  遺伝的多様性 ,  遺伝子タイピング ,  集団構造

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  集団遺伝学  (EC01040J) ,  植物の生化学  (EH01050J)

タイトルに関連する用語 (8件)： インド ,  イネ ,  Oryza ,  在来種 ,  遺伝的多様性 ,  個体群構造 ,  遺伝子タイピング ,  解析