hlaR:移植ドナーとレシピエントの間のepletミスマッチを同定するための迅速で再現性のあるツール【JST・京大機械翻訳】

Johnson Aileen C.; Zhang Joan; Cliff Sullivan H.; Wiebe Chris; Bray Robert; Gebel Howard; Larsen Christian P.

文献

J-GLOBAL ID：202202218422485749 整理番号：22A0921959

hlaR:移植ドナーとレシピエントの間のepletミスマッチを同定するための迅速で再現性のあるツール【JST・京大機械翻訳】

hlaR: A rapid and reproducible tool to identify eplet mismatches between transplant donors and recipients

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資料名：
巻： 83 号： 3 ページ： 248-255 発行年： 2022年
JST資料番号： E0289B ISSN： 0198-8859 CODEN： HUIMDQ 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

Epletミスマッチ負荷は,全体的および単一分子レベルの両方で,移植レシピエント転帰と相関する。しかし,正確なeplet評価はドナーとレシピエントの両方の高分解能HLAタイピングを必要とする。高分解能タイピングよりも少ないのは,HLA型の帰属を必要とする。epletミスマッチを同定する現在利用可能な方法は,退屈で要求されている。したがって,著者らは,エプレット解析のワークフローを単純化するソフトウェアパッケージとユーザフレンドリーなWebアプリケーション(hlaR)を開発し,低解像度データから高解像度を帰属する機能を提供し,単一または多重ドナーレシピエント対に対する全体的および単一分子エレットミスマッチの両方を計算した。現在利用可能なツール(すなわち,HLAMatchMaker)を用いた手動評価と比較して,hlaRは,epletミスマッチにおける最小不一致(クラスIに対する0.56の平均絶対差および遺伝子座間のユニークな和に対するクラスIIに対する0.86)をもたらした。さらに,単一分子eplet関数の出力は手動計算と比較して,平均単一抗原数は0.19増加した。重要なことに,hlaRツールは,eplet参照表(例えば,HLAMatchMakerバージョン2または3)間の比較を含む,迅速かつ再現性のある補完およびエプレットミスマッチを可能にする。ユーザは,個々のドナーとレシピエントデータのキーストローク入力に依存するよりもスプレッドシートからのデータを輸入し,データ入力誤差のリスクを低減する。hlaRツールの改善されたスケーラビリティは,入力データセットのサイズに対する解析時間をプロットすることによって強調される。新しいhlaRツールは,流線型ワークフローでエプレット不整合データを提供できる。エンドユーザからの努力の減少により,エプレットマッチングとミスマッチ負荷データは,研究と臨床使用の両方にさらに組み込むことができる。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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血液の腫よう , 血液疾患の治療一般

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