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J-GLOBAL ID：202202218540049998   整理番号：22A1153902

極低被覆全ゲノム配列データのための正確な割当試験【JST・京大機械翻訳】

An accurate assignment test for extremely low-coverage whole-genome sequence data

著者 (8件)： Ferrari Giada (Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Department of Biosciences, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Atmore Lane M. (Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Department of Biosciences, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Jentoft Sissel (Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Department of Biosciences, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Jakobsen Kjetill S. (Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Department of Biosciences, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Makowiecki Daniel (Department of Environmental Archaeology and Human Paleoecology, Institute of Archaeology, Nicolaus Copernicus University, Torun, Poland) ,  Barrett James H. (McDonald Institute for Archaeological Research, Department of Archaeology, University of Cambridge, Cambridge, UK) ,  Barrett James H. (Department of Archaeology and Cultural History, NTNU University Museum, Trondheim, Norway) ,  Star Bastiaan (Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis, Department of Biosciences, University of Oslo, Oslo, Norway)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 4  ページ： 1330-1344  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム帰属試験は,起源または生態型のような重要な診断生物学的特徴を提供できる。しかし,帰属試験は,しばしば,分子生態学や古代DNAなどの分野に対して得るのが困難な中~高被覆配列データに依存する。極めて低カバレージ配列データにおける生物学的に適切な情報(すなわち,反転のような集団同一性または構造変異体)を効率的に割当てる新しい方法を開発した。最初に,生物学的特性と関連する診断単一ヌクレオチド多型(SNP)のサブセットを用いて,既存の参照データからデータベースを作成した。次に,低カバレージアラインメントファイルをこれらのデータベースと比較し,対立遺伝子状態を確認し,各関連に対する結合確率を得た。このアプローチの有効性を評価するために,染色体反転部位と全ゲノムデータを用いて,Heliconiusバター,大西洋ニシン,大西洋タラにおけるハプロタイプと個体群同一性を帰属した。著者らは,古代の大西洋のニシン骨から回収した最初の全ゲノム配列データを含む,現代および古代の標本の両方を記録した。この方法は,ゲノムワイドSNPに基づく極めて低い被覆データ(0.0001xの低さ)を用いて,個体群メンバーシップを含む生物学的特性を正確に帰属する。したがって,この方法は,関連する生物学的情報が得られる進化的,生態学的および考古学的研究における試料の数を増加させるであろう。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データ ,  データベース ,  *被覆 ,  生物学 ,  DNA【核酸】 ,  染色体 ,  突然変異体 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  対立遺伝子 ,  生態学 ,  個体群 ,  ハプロタイプ ,  一塩基多型
準シソーラス用語： *ゲノム配列 ,  生態型 ,  古代DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 染色体反転 ,  エコタイプ ,  ゲノムスキミング ,  ハプロタイプ ,  人口割当

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム配列 ,  割当 ,  試験