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J-GLOBAL ID：202202218763906961   整理番号：22A1153907

倍数体種の配列決定による正確な遺伝子型決定に必要な配列範囲【JST・京大機械翻訳】

Sequence coverage required for accurate genotyping by sequencing in polyploid species

著者 (9件)： Wang Lin (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Yang Jixuan (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Hong (Department of Statistics and Finance, University of Science and Technology of China, Hefei, China) ,  Tao Qin (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Yuxin (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Dang Zhenyu (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Zhang Fengjun (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Luo Zewei (Laboratory of Population and Quantitative Genetics, Institute of Biostatistics, School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai, China) ,  Luo Zewei (School of Biosciences, University of Birmingham, Birmingham, UK)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 22  号： 4  ページ： 1417-1426  発行年： 2022年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 倍数性は真核生物の進化,特に開花植物において重要な役割を担っている。多くの生態学的または農業的に重要な植物または作物種は多倍数体であり,sycamore maple(四倍体),世界第2および第3の食品作物コムギ(六倍体)およびジャガイモ(四倍体),ならびに大西洋サケおよびマスのような経済的に重要な水産養殖動物を含む。次世代シークエンシングデータは配列変異部位で遺伝子型を割り当てることを可能にし,配列決定(GBS)による遺伝子タイピングとして知られている。GBSは,ほとんど全ての二倍体および多くの倍数体生物において,集団ベースのゲノム学研究において大きな興味を刺激した。DNA配列多型は共優性であり,従って多型部位での根底にある遺伝子型について完全に有益であり,GBSを二倍体の直接的な作業にする。しかし,配列データは倍数体種において通常は情報がない可能性があり,GBSは倍数体においてはるかに挑戦的な課題となっている。本論文では,倍数体における読取りによりバードされた多型部位における正確なGBSを確実にするために必要な配列読取数を予測するための新規で厳密な統計的方法を提示し,数十の読取が,任意の四倍体遺伝子型の全ての構成対立遺伝子を回復させるのに95%の確率を保証できるが,文献における低被覆率配列データを用いるGBSの命題を,90%の確率信頼度で正確に明らかにするために,数百の読み取りが必要であることを示した。理論予測を,四倍体ジャガイモ品種からのRAD-seqデータを用いて試験した。本論文は,それらの配列ベースの研究を設計し,実施するための理論的指針と方法を有する倍数体実験者を提供した。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ジャガイモ ,  *遺伝子型 ,  コムギ ,  ヌクレオチド配列 ,  養殖 ,  開花 ,  品種 ,  対立遺伝子 ,  遺伝学実験技術 ,  四倍体 ,  *倍数体 ,  二倍体 ,  生態学 ,  六倍体
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  DNA配列 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 配列決定による遺伝子型決定 ,  倍数体 ,  RAD-seqデータ ,  シーケンスカバレッジ ,  Solanum tuberosum L.

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  麦  (FC03033M)

タイトルに関連する用語 (2件)： 倍数体 ,  遺伝子型決定