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J-GLOBAL ID：202202220628000637   整理番号：22A0930323

FPGA上のエネルギー効率的で高速なゲノム探索インタリーブBloomフィルタのための共設計【JST・京大機械翻訳】

Co-Design for Energy Efficient and Fast Genomic Search Interleaved Bloom Filter on FPGA

著者 (4件)： Knaust Marius (Zuse Institute Berlin, Berlin, Germany) ,  Seiler Enrico (Freie Universitaet Berlin, Berlin, Germany) ,  Reinert Knut (Freie Universitaet Berlin, Berlin, Germany) ,  Steinke Thomas (Zuse Institute Berlin, Berlin, Germany)
資料名： ACM Proceedings  (ACM Proceedings)
号： FPGA ’22  ページ： 180-189  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0698C  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次に,一般化シーケンス技術は,シーケンスデータの広大な指数的に増加する量を生成する。インタリーブブルームフィルタ(IBF)は,メモリ内データ構造で近似クエリを配布するための最先端技術である新しいインデクシングデータ構造である。それを用いて,配列分析パイプラインの主要課題,(約)配列読取りまたは遺伝子のような短い配列パターンに対する大きな参照データセットの探索は,有意に加速できる。性能とエネルギー効率要求を満たすために,FPGAプラットフォーム上のIBFデータ構造の共設計手法を選択した。さらに,著者らのOpenCLベースの実装は,生物学的配列分析のための広く使用されたSeqAn C++ライブラリへのシームレスな統合を可能にする。著者らのアルゴリズム設計と最適化戦略は,多くのビットワイズ操作のシフトレジスタと並列化可能性のようなFPGA特有の特徴を利用する。Shared仮想メモリ概念を用いて,FPGAプラットフォーム上の異なるメモリドメインを横断してデータを分割するために,十分にチョーセンスキーマを設計した。十分に調整されたマルチスレッドCPU参照と比較して,それぞれ19倍までのエネルギー効率と5.6倍までの性能における顕著な改善を実証することができた。Please refer to this article’s citation page on the publisher website for specific rights information. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 記憶装置 ,  最適化 ,  データ構造 ,  シフトレジスタ ,  生物学 ,  遺伝子 ,  近似法 ,  *ゲノム ,  パイプライン演算 ,  仮想記憶方式 ,  *FPGA ,  *インタリーブ ,  C++言語 ,  マルチスレッド
準シソーラス用語： 配列解析 ,  クエリー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： エネルギー効率 ,  fpga ,  索引作成 ,  性能 ,  配列アラインメント

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： FPGA ,  エネルギー効率 ,  ゲノム ,  探索 ,  インタリーブ ,  Bloomフィルタ ,  設計