文献

J-GLOBAL ID：202202222359686549   整理番号：22A0696405

遺伝子オントロジーを用いた蛋白質相互作用のスコアリング信頼のための類似性尺度の新しいファミリー【JST・京大機械翻訳】

A New Family of Similarity Measures for Scoring Confidence of Protein Interactions Using Gene Ontology

著者 (2件)： Paul Madhusudan (Department of Computer and System Sciences, Visva-Bharati, Santiniketan, West Bengal, India) ,  Anand Ashish (Department of Computer Science and Engineering, Indian Institute of Technology Guwahati, Guwahati, Assam, India)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 19  号： 1  ページ： 19-30  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大規模蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)データは,細胞過程を理解する努力において,重要な役割を果たす可能性がある。しかし,偽陽性のかなりの部分の存在はこの可能性を実現するボトルネックである。偽陽性相互作用が低信頼スコアを得る方法で,PPIの信頼度をスコアリングするための相補的資源を利用するための継続的な努力があった。遺伝子産物の性質とその関係を表す生物学的用語の分類である遺伝子オントロジー(GO)は,この目的に広く使用されている。GOを利用して,相対深さ比(RDS),相対Nodeベース特異性(RNS),および相対Edgeベース特異性(RES)の新しい一連の特異性測度を導入し,類似性測度の新しいファミリーを導いた。これらの類似性尺度を用いて各PPIの信頼スコアを得た。4つの異なるベンチマークを用いて新しい測度を評価した。すべての3つの対策は,非常に効果的であることを示す。特に,RNSとRESは,既存の代替案よりも偽陽性から真のPPIを効果的に識別する。RESはまたロバストな集合識別力を示し,蛋白質機能クラスタ化にも有用である。Copyright 2022 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  測度 ,  信頼度 ,  タンパク質 ,  認識 ,  クラスタ化 ,  類似性 ,  ベンチマーク ,  ロバスト性 ,  *オントロジー
準シソーラス用語： *蛋白質間相互作用 ,  誤検出 ,  遺伝子産物 ,  *スコア化 ,  特異性 ,  *遺伝子オントロジー ,  蛋白質機能 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝子オントロジー ,  蛋白質相互作用 ,  スコア ,  信頼 ,  類似性 ,  尺度 ,  ファミリー