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J-GLOBAL ID：202202222405648171   整理番号：22A1175092

蛋白質の正確な決定:分子動力学シミュレーションからの配位子標準結合自由エネルギー【JST・京大機械翻訳】

Accurate determination of protein:ligand standard binding free energies from molecular dynamics simulations

著者 (17件)： Fu Haohao (Research Center for Analytical Sciences, Frontiers Science Center for New Organic Matter, College of Chemistry, Nankai University, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology, Tianjin, China) ,  Chen Haochuan (Research Center for Analytical Sciences, Frontiers Science Center for New Organic Matter, College of Chemistry, Nankai University, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology, Tianjin, China) ,  Blazhynska Marharyta (Laboratoire International Associe CNRS and University of Illinois at Urbana-Champaign, UMR 7019, Universite de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Goulard Coderc de Lacam Emma (Laboratoire International Associe CNRS and University of Illinois at Urbana-Champaign, UMR 7019, Universite de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Szczepaniak Florence (Laboratoire International Associe CNRS and University of Illinois at Urbana-Champaign, UMR 7019, Universite de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Szczepaniak Florence (Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Chicago, Chicago, IL, USA) ,  Pavlova Anna (School of Physics, Georgia Institute of Technology, Atlanta, GA, USA) ,  Shao Xueguang (Research Center for Analytical Sciences, Frontiers Science Center for New Organic Matter, College of Chemistry, Nankai University, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology, Tianjin, China) ,  Gumbart James C. (School of Physics, Georgia Institute of Technology, Atlanta, GA, USA) ,  Dehez Francois (Laboratoire International Associe CNRS and University of Illinois at Urbana-Champaign, UMR 7019, Universite de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Roux Benoit (Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Chicago, Chicago, IL, USA) ,  Roux Benoit (Department of Chemistry, University of Chicago, Chicago, IL, USA) ,  Roux Benoit (Center for Nanoscale Materials, Argonne National Laboratory, Argonne, IL, USA) ,  Cai Wensheng (Research Center for Analytical Sciences, Frontiers Science Center for New Organic Matter, College of Chemistry, Nankai University, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology, Tianjin, China) ,  Chipot Christophe (Laboratoire International Associe CNRS and University of Illinois at Urbana-Champaign, UMR 7019, Universite de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Chipot Christophe (Department of Physics, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL, USA) ,  Chipot Christophe (Theoretical and Computational Biophysics Group, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL, USA)
資料名： Nature Protocols  (Nature Protocols)
巻： 17  号： 4  ページ： 1114-1141  発行年： 2022年 
JST資料番号： W4781A  ISSN： 1754-2189  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質:リガンド標準結合自由エネルギーを計算するための信頼できる計算方法論の設計は非常に困難である。リガンドと蛋白質の会合に伴う立体配置エンタルピーとエントロピーの大きな変化は,ナイーブブート力シミュレーションで捉えることが困難であった。この課題に取り組むため,本プロトコルは,蛋白質:リガンド結合親和性を包括的結合フリー-エネルギー推定器2(BFEE2)応用ソフトウェアと共に決定するための厳密な統計的機械的枠組みに留まっている。結合状態の知識により,実験またはドッキングから利用可能で,BFEE2プロトコルの応用は,広範囲の蛋白質:リガンド錯体に対して,化学精度内の標準結合自由エネルギーの物質において,信頼できる力場を供給する。望ましくないヒト介入を制限することにより,BFEE2は,全ての必要な入力ファイルを準備し,結合親和性の最終推定に向けたシミュレーションの後処理を行う際に,エンドユーザを支援する。このプロトコルは,種々の性質を有する種々の蛋白質:リガンド複合体の標準結合自由エネルギーを計算するために,結合自由エネルギー推定器2(BFEE2)ソフトウェアを使用する方法を記述する。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature Limited 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  エンタルピー ,  エントロピー ,  *シミュレーション ,  *計算機シミュレーション ,  精度 ,  *タンパク質 ,  ヒト ,  計算理論 ,  後処理 ,  複合体 ,  ソフトウェア ,  *結合 ,  親和性 ,  力の場
準シソーラス用語： 結合親和性 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *結合自由エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 生物物理学一般  (EA02020O) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  分子動力学シミュレーション ,  配位子 ,  標準 ,  結合自由エネルギー