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J-GLOBAL ID：202202223433364076   整理番号：22A1028911

全ゲノム再シークエンシング分析により明らかにした太平洋白エビLitopenaeus vannameiの選択シグネチャー【JST・京大機械翻訳】

Selection Signatures of Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei Revealed by Whole-Genome Resequencing Analysis

著者 (16件)： Wang Hao (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Teng Mingxuan (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Liu Pingping (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Liu Pingping (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Zhao Mingyang (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Wang Shi (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Wang Shi (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Wang Shi (Laboratory for Marine Biology and Biotechnology, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Hu Jingjie (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Hu Jingjie (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Bao Zhenmin (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Bao Zhenmin (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Bao Zhenmin (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Zeng Qifan (MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Zeng Qifan (Key Laboratory of Tropical Aquatic Germplasm of Hainan Province, Sanya Ocean Institute, Ocean University of China, Sanya, China) ,  Zeng Qifan (Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China)
資料名： Frontiers in Marine Science (Web)  (Frontiers in Marine Science (Web))
巻： 9  ページ： 844597  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7076A  ISSN： 2296-7745  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 太平洋白エビLitopenaeus vannameiは世界中の商業的重要性のトップ水生種の一つである。ここ40年にわたって,L.vannameiの育種作業は集中的に行われ,生産と性能形質が改良された複数の株を生成した。しかし,L.vannameiゲノムを横断する家畜化と人工選抜のシグネチャは,ほとんど未調査のままである。本研究では,2つの人工的に選択的な品種と4つの市場主導会社から180の太平洋白エビの全ゲノム再配列決定を行った。ゲノム全体で22.5SNPs/Kbの平均密度で合計37百万の一塩基多型(SNP)を同定した。祖先推定,主成分分析,および系統発生推論は,6つの品種の間の明白な層別化を明らかにした。各品種における連鎖不均衡(LD)減衰を評価し,選択により駆動される遺伝的変異を同定した。固定指数(F_st)とヌクレオチド多様性(θ_π)のペアワイズ比較は,各品種における選択掃引下のゲノム領域のマイニングを可能にした。機能的濃縮分析は,これらの領域内の遺伝子が,主に細胞巨大分子代謝過程,蛋白質分解,構造分子活性,構成リボソームの構造,および刺激に対する応答に関与することを明らかにした。ゲノムワイドSNPデータセットは,太平洋白エビの遺伝資源評価およびゲノム支援育種のための貴重な情報を提供し,また,選択的育種の遺伝的影響およびゲノムシグネチャに光を当てる。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  変異 ,  系統発生 ,  層別 ,  *ゲノム ,  育種 ,  リボソーム ,  品種 ,  環境順応 ,  タンパク質分解 ,  主成分分析 ,  遺伝資源 ,  一塩基多型
準シソーラス用語： *配列解析 ,  連鎖不平衡 ,  遺伝的変異 ,  家畜化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 太平洋白エビ ,  SNP ,  集団構造 ,  連鎖不均衡 ,  選択的掃引

分類 (2件)： 作物の品種改良  (FC02030G) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (56件)：

• Alexander D. H., Novembre J., Lange K. (2009). Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Res. 19 1655-1664. doi: 10.1101/gr.094052.109
• Argue B. J., Arce S. M., Lotz J. M., Moss S. M. (2002). Selective breeding of Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) for growth and resistance to Taura Syndrome Virus. Aquaculture 204 447-460. doi: 10.1101/gr.094052.109
• Artiles A., Rodríguez I., Pérez A., Pérez L., Espinosa G. (2011). Low genetic variability in the fifth introduction of Litopenaeus vannamei in Cuba, as estimated with microsatellite markers. Biotecnología Aplicada 28 147-150. doi: 10.1101/gr.094052.109
• Aweya J. J., Zheng X., Zheng Z., Wang W., Fan J., Yao D., et al (2020). The sterol regulatory element binding protein homolog of Penaeus vannamei modulates fatty acid metabolism and immune response. Biochimica et Biophysica Acta - Mol. Cell Biol. Lipids 1865:158757. doi: 10.1016/j.bbalip.2020.158757
• Barreiro L. B., Laval G., Quach H., Patin E., Quintana-Murci L. (2008). Natural selection has driven population differentiation in modern humans. Nat. Genet. 40 340-345. doi: 10.1038/ng.78

タイトルに関連する用語 (7件)： ゲノム ,  シークエンシング ,  分析 ,  洋白 ,  エビ ,  Litopenaeus ,  シグネチャー