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J-GLOBAL ID：202202225169261060   整理番号：22A0492032

腹部大動脈瘤における遺伝的変異を解釈するための細胞型特異的調節ネットワークの利用【JST・京大機械翻訳】

Leveraging cell-type-specific regulatory networks to interpret genetic variants in abdominal aortic aneurysm

著者 (9件)： Ma Shining (Department of Statistics, Stanford University, Stanford, CA 94305) ,  Chen Xi (Department of Statistics, Stanford University, Stanford, CA 94305) ,  Zhu Xiang (Department of Statistics, Pennsylvania State University, University Park, PA 16802) ,  Zhu Xiang (Huck Institutes of the Life Sciences, Pennsylvania State University, University Park, PA 16802) ,  Tsao Philip S. (VA Palo Alto Epidemiology Research and Information Center for Genomics, VA Palo Alto Health Care System, Palo Alto, CA 94304) ,  Tsao Philip S. (Department of Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305) ,  Tsao Philip S. (Stanford Cardiovascular Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305) ,  Wong Wing Hung (Department of Statistics, Stanford University, Stanford, CA 94305) ,  Wong Wing Hung (Bio-X Program, Center for Personal Dynamic Regulomes, Department of Biomedical Data Science, Stanford University, Stanford, CA 94305)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 119  号： 1  ページ： e2115601119  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 腹部大動脈瘤(AAA)は,病理生物学が明確に理解されていない一般的な変性心血管疾患である。ヒトAAAにおける血管細胞の細胞不均一性と細胞型特異的遺伝子調節はよく特性化されていない。ここでは,ヒト大動脈平滑筋細胞(AoSMC)およびヒト大動脈内皮細胞(HAEC)における遺伝子調節に影響する可能性のある疾患関連変異体を検出する目的で,AAA患者における全ゲノム配列決定データの分析を実施し,AAA疾患に対する高い関連性の2種類の細胞タイプである,ヒト大動脈平滑筋細胞(AoSMC)およびヒト大動脈内皮細胞(HAEC)における遺伝子調節に影響する。この分析を支持するため,これらの細胞型と推定細胞型特異的遺伝子調節ネットワークに対するH3K27ac HiChIPデータを作成した。AAA関連変異体は,HAECおよびCD4+細胞と比較して,AoSMCの調節領域で最も豊富であった。このHiChIPデータによって定義される細胞型特異的調節は,AAA疾患におけるERGと転写因子のKLFファミリーの重要性を支持した。非コード変異体を含み,またAAA患者と対照の間で差次的に開放される調節要素の分析は,インターロイキン-6-媒介シグナル伝達経路の重要性を明らかにした。この知見は,AAA患者における非同義単一ヌクレオチド変異体の有害性効果からの情報および医学ゲノム参照バンクデータセットからの付加的制御データを含むことによりさらに検証された。これら結果は,AAA病因に重要な洞察を明らかにし,疾患と関係した変異体の細胞型特異的な分析に対するモデルを提供する。Copyright 2022 The Author(s). Published by PNAS. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 調節遺伝子 ,  *ヒト ,  ゲノム ,  有害性 ,  心血管疾患 ,  遺伝的調節 ,  転写因子 ,  インターロイキン6 ,  CD4抗原 ,  病因 ,  平滑筋細胞
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  *遺伝子調節ネットワーク ,  大動脈平滑筋細胞 ,  *細胞型 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： HiChIP ,  腹部大動脈瘤 ,  細胞型特異的調節 ,  全ゲノム配列決定 ,  平滑筋細胞

分類 (3件)： 細胞生理一般  (EF02010S) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (4件)： 腹部大動脈瘤 ,  遺伝的変異 ,  細胞型 ,  調節ネットワーク