文献

J-GLOBAL ID：202202225966031308   整理番号：22A1177698

土壌伝染性真菌植物病原菌Rhizoctonia solaniのパンゲノム解析と包括的Web資源の開発:RsolaniDB【JST・京大機械翻訳】

Pangenome Analysis of the Soilborne Fungal Phytopathogen Rhizoctonia solani and Development of a Comprehensive Web Resource: RsolaniDB

著者 (8件)： Kaushik Abhinav (Biological and Environmental Science and Engineering Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia) ,  Roberts Daniel P. (Sustainable Agricultural Systems Laboratory, United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service (USDA-ARS), Beltsville, MD, United States) ,  Ramaprasad Abhinay (Biological and Environmental Science and Engineering Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia) ,  Mfarrej Sara (Biological and Environmental Science and Engineering Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia) ,  Nair Mridul (Biological and Environmental Science and Engineering Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia) ,  Lakshman Dilip K. (Sustainable Agricultural Systems Laboratory, United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service (USDA-ARS), Beltsville, MD, United States) ,  Pain Arnab (Biological and Environmental Science and Engineering Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia) ,  Pain Arnab (International Institute for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 13  ページ： 839524  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Rhizoctonia solaniは,経済的に重要な作物を損傷する遺伝的および病理学的に多様な担子菌類の集団群である。その分離株を13の吻合グループ(AG)と特徴的な形態と宿主範囲のサブグループに分類した。R.solani病理学のユニークな特徴を駆動する遺伝的因子は,その注釈されたゲノムの限られた利用性のために十分に特性化されていない。そこで著者らは,7つのAGsと選択サブグループ(AG1-IA;AG1-IB;AG1-IC;AG2-2IIIB;AG3-PT,分離株Rhs1AP,および低病原性Rhs1A1;AG3-TB;AG4-HG-I,分離株Rs23とR118-11;AG5;AG6;およびAG8)を含む12のR.solani分離株のゲノム配列決定,集合,注釈および機能分析を行い,6つのゲノムが初めて報告された。12のR.solani分離株と15の他の担子菌類のパンゲノム比較解析を用いて,AGsを横断して,ユニークで共有されたセクレトーム,CAZyme,およびエフェクターを定義した。また,AG特異的宿主選好の決定に関与するR.solani由来因子および他の担子菌類と区別する属性を明らかにした。最後に,R.solaniゲノムの最大レパートリーと包括的データベースとしてのそれらの注釈付成分を示した。RsolaniDBは,大規模データマイニング,機能的濃縮および他の最先端のプラットフォームで利用できない配列分析のツールを有する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  微生物 ,  農作物 ,  遺伝 ,  ヌクレオチド配列 ,  *ゲノム ,  *植物病原菌 ,  担子菌類 ,  病原性 ,  *Rhizoctonia solani ,  *Rhizoctonia ,  *Web【情報システム】 ,  アノテーション ,  データマイニング
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  セクレトーム ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 担子菌類 ,  土壌伝染性植物病原菌 ,  Rhizoctonia solani ,  NGS-次世代シークエンシング ,  ゲノミクス ,  パンゲノム分析 ,  病原性遺伝子 ,  ゲノムデータベース

分類 (3件)： 菌類による植物病害  (FC04052Y) ,  豆類  (FC03035U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (80件)：

• Alexa A., Rahnenführer J. (2009). Gene set enrichment analysis with topGO. Bioconductor Improv 27 1-26.
• Almagro Armenteros J. J., Tsirigos K. D., Sønderby C. K., Petersen T. N., Winther O., Brunak S., et al (2019). SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks. Nat. Biotechnol. 37 420-423. doi: 10.1038/s41587-019-0036-z
• Amaradasa B. S., Horvath B. J., Lakshman D. K., Warnke S. E. (2013). DNA fingerprinting and anastomosis grouping reveal similar genetic diversity in Rhizoctonia species infecting turfgrasses in the transition zone of USA. Mycologia 105 1190-1201. doi: 10.3852/12-368
• Anderson J. P., Hane J. K., Stoll T., Pain N., Hastie M. L., Kaur P., et al (2016). Proteomic analysis of Rhizoctonia solani identifies infection-specific, redox associated proteins and insight into adaptation to different plant hosts. Mol. Cell. Proteomics 15 1188-1203. doi: 10.1074/mcp.M115.054502
• Andrews S. (2020). Babraham bioinformatics - FastQC a quality control tool for high throughput sequence data. Soil 5 47-81. doi: 10.1016/0038-0717(73)90093-X

タイトルに関連する用語 (8件)： 土壌伝染 ,  真菌 ,  植物病原菌 ,  Rhizoctonia ,  パンゲノム解析 ,  Web ,  資源 ,  開発