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J-GLOBAL ID：202202226229925077   整理番号：22A1028624

DNAメタバーコード化は未選別トラップキャッチ内のスポッティングウイングショウジョウバエ(Drosophila suzukii)のハイスループット検出を可能にする【JST・京大機械翻訳】

DNA Metabarcoding Enables High-Throughput Detection of Spotted Wing Drosophila (Drosophila suzukii) Within Unsorted Trap Catches

著者 (7件)： Piper Alexander M. (Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre, Bundoora, VIC, Australia) ,  Piper Alexander M. (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC, Australia) ,  Cunningham John Paul (Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre, Bundoora, VIC, Australia) ,  Cunningham John Paul (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC, Australia) ,  Cogan Noel O. I. (Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre, Bundoora, VIC, Australia) ,  Cogan Noel O. I. (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC, Australia) ,  Blacket Mark J. (Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre, Bundoora, VIC, Australia)
資料名： Frontiers in Ecology and Evolution (Web)  (Frontiers in Ecology and Evolution (Web))
巻： 10  ページ： 822648  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7067A  ISSN： 2296-701X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 斑点翼drosophila(Drosophila suzuki,Matsumara)は,軟および石果実生産の急速に広がる世界的害虫である。多くのライフステージの他のコモポリタンドロソフィリドへの類似性により,この害虫の監視は,大きな混合トラップ捕獲の面倒な選別と形態学的同定によって現在ボトルネックとなっている。DNAメタバーコーディングは,多重種同定のための代替ハイスループット配列決定(HTS)アプローチを提示し,それは,非選別トラップサンプル内のD.suzukiiの迅速でスケーラブルな診断に理想的にそれ自身を終える。本研究では,D.suzukiiとその近縁種に対する4つのメタバーコーディングプライマー対の定性的(同定精度)と定量的(各種に対するバイアス)性能を比較した。次に,試料数増加のモックコミュニティに標的種の試料全体をスパイクし,チェリーと石果果樹園から29の野外サンプリングしたコミュニティに加えて,非破壊メタバーコーディングアッセイ(すなわち,無傷試料を保持する)の感度を決定した。メタバーコーディングは,それぞれ96,100および100%の精度を有するスパイクされたコミュニティにおいて,D.suzukiおよびその近縁のDrosophila subpulchrellaおよびDrosophila biarmipisを検出し,野外シナリオにおけるD.suzukii監視法により,さらに57の非標的節足動物を同定した。非破壊的DNA抽出は無傷のVucher試料を保持したが,単一種及び全技術複製の脱落は,これらのプロトコルが均質化組織メタバーコーディングよりも環境DNAとより似ており,低豊度分類群を確実に検出する技術複製の増加を必要とすることを示唆した。バルクトラップ試料のスクリーニングのためのハイスループットメタバーコーディングアッセイの採用は,D.suzuki監視の地理的規模と強度における実質的な増加を可能にし,従って新しい導入を検出する尤度を可能にした。しかし,トラップ設計および監視プロトコルは,分子同定のための試料DNAを適切に保存するために最適化する必要がある。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  符号化 ,  害虫 ,  *DNA【核酸】 ,  桜桃 ,  多重化 ,  生物分類 ,  捕獲 ,  *ショウジョウバエ ,  果樹園 ,  *トラップ【生物】 ,  モルフォロジー
準シソーラス用語： 種判別 ,  *ハイスループット ,  DNA抽出 ,  近縁種 ,  バーコーディング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： バイオサーベイランス ,  バイオセキュリティ ,  侵入種 ,  DNAバーコード化 ,  非破壊 ,  早期検出 ,  メタバーコーディング ,  Drosophila suzukii

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (105件)：

• Alberdi A., Aizpurua O., Bohmann K., Gopalakrishnan S., Lynggaard C., Nielsen M., et al (2019). Promises and pitfalls of using high-throughput sequencing for diet analysis. Mol. Ecol. Resour. 19 327-348. doi: 10.1111/1755-0998.12960
• Altschul S. F., Gish W., Miller W., Myers E. W., Lipman D. J. (1990). Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215 403-410. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
• Anderson C., Low-Choy S., Whittle P., Taylor S., Gambley C., Smith L., et al (2017). Australian plant biosecurity surveillance systems. Crop Prot. 100 8-20. doi: 10.1016/j.cropro.2017.05.023
• Armstrong J. S., Richman D. B. (2007). Interference of Boll Weevil trapping by spiders (Araneida) and an evaluation of trap modification to reduce unwanted Arthropods. J. Entomol. Sci. 42 392-398. doi: 10.18474/0749-8004-42.3.392
• Asplen M. K., Anfora G., Biondi A., Choi D. S., Chu D., Daane K. M., et al (2015). Invasion biology of spotted wing Drosophila (Drosophila suzukii): a global perspective and future priorities. J. Pest Sci. 88 469-494. doi: 10.1007/s10340-015-0681-z

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA ,  バーコード ,  選別 ,  トラップ ,  Drosophila ,  ハイスループット