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J-GLOBAL ID：202202226566186032   整理番号：22A0388512

SARS-CoV-2のカプシド蛋白質における血漿活性酸素種とスパイク蛋白質の受容体結合ドメイン間の相互作用の反応力場に基づく分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Reactive force field-based molecular dynamics simulation of the interaction between plasma reactive oxygen species and the receptor-binding domain of the spike protein in the capsid protein of SARS-CoV-2

著者 (6件)： Wang Huichao (School of Electrical Engineering, Shandong University, Ji’nan 250061, People’s Republic of China) ,  Zhao Tong (School of Electrical Engineering, Shandong University, Ji’nan 250061, People’s Republic of China) ,  Yang Shuhui (State Grid Yantai Power Supply Company, Yantai 264000, People’s Republic of China) ,  Zou Liang (School of Electrical Engineering, Shandong University, Ji’nan 250061, People’s Republic of China) ,  Wang Xiaolong (School of Electrical Engineering, Shandong University, Ji’nan 250061, People’s Republic of China) ,  Zhang Yuantao (School of Electrical Engineering, Shandong University, Ji’nan 250061, People’s Republic of China)
資料名： Journal of Physics. D. Applied Physics  (Journal of Physics. D. Applied Physics)
巻： 55  号： 9  ページ： 095401 (13pp)  発行年： 2022年 
JST資料番号： B0092B  ISSN： 0022-3727  CODEN： JPAPBE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 現在のグローバルパンデミックの圧力下で,研究者は,重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)による感染を抑制し,COVID-19の拡散を防止するための信頼できる方法を見つけるのに困難であった。SARS-CoV-2の表面でのスパイク蛋白質の受容体結合ドメイン(RBD)によるヒトアンギオテンシン変換酵素2の認識と結合は,ヒト受容体細胞のウイルス侵入における重要な段階であり,この過程の遮断は正常なヒト細胞侵入からウイルスを阻害できる。プラズマ処理はRBDの構造を破壊し,結合過程を効果的にブロックする。しかし,血漿ブロック認識と結合が明確でない機構は不明である。本研究では,プラズマ中の活性酸素種(ROS)とRBDの分子モデルの間の反応を,反応性分子動力学法を用いてシミュレートした。結果は,ROSによるRBDの破壊が,水素引抜反応によって誘発されたことを示した:OとOHはRBDからH原子を抽出し,一方,H_2O_2とHO_2のH原子はRBDによって抽象化された。この水素引抜は,C-H,N-H,O-HおよびC=O結合の破壊およびC=CおよびC=N結合の形成をもたらした。OHの付加反応はO-H結合の数を増加させ,C-O,N-OおよびO-H結合の形成を引き起こした。N-H結合の解離は,元のペプチド結合構造とアミノ酸残基の分解をもたらし,アミノ酸残基のタイプを変化させ,N-CとN=CとC=OとC-Oの変換を引き起こした。このシミュレーションは,血漿におけるROSとSARS-CoV-2のカプシド蛋白質間の相互作用の微視的機構を部分的に解明し,血漿によるSARS-CoV-2感染の制御のための理論的支持を提供し,全体的パンデミックの克服に寄与する。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： プラズマ ,  *相互作用 ,  水素 ,  *血漿 ,  付加反応 ,  *受容体 ,  ヒト ,  *結合部位 ,  *分子動力学 ,  アミノ酸残基 ,  プラズマ処理 ,  *活性酸素 ,  分子モデル
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  水素原子 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： プラズマ応用  (BJ02110K) ,  プラズマ診断  (BJ02090L) ,  固体-プラズマ相互作用  (BJ02033W)

タイトルに関連する用語 (10件)： SARS-CoV-2 ,  カプシド蛋白質 ,  血漿 ,  活性酸素種 ,  スパイク蛋白質 ,  受容体結合 ,  ドメイン ,  相互作用 ,  応力場 ,  分子動力学シミュレーション