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J-GLOBAL ID：202202228497452007   整理番号：22A1025164

ECO:in vivoでのマウス内皮細胞のための統合遺伝子発現オムニバス【JST・京大機械翻訳】

ECO: An Integrated Gene Expression Omnibus for Mouse Endothelial Cells In Vivo

著者 (11件)： Deng Xiangyi (1Department of Neurosurgery, Tianjin Medical University General Hospital, Tianjin Neurological Institute, Key Laboratory of Post-Neuroinjury Neuro-Repair and Regeneration in Central Nervous System, Ministry of Education and Tianjin City, Tianjin, China) ,  Yang Fan (1Department of Neurosurgery, Tianjin Medical University General Hospital, Tianjin Neurological Institute, Key Laboratory of Post-Neuroinjury Neuro-Repair and Regeneration in Central Nervous System, Ministry of Education and Tianjin City, Tianjin, China) ,  Zhang Lei (2Key Laboratory of Ministry of Education for Medicinal Plant Resource and Natural Pharmaceutical Chemistry, National Engineering Laboratory for Resource Developing of Endangered Chinese Crude Drugs in Northwest of China, College of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an, China) ,  Zhang Lei (3Precision Medicine Center, the Second People’s Hospital of Huaihua, Huaihua, China) ,  Wang Jianhao (1Department of Neurosurgery, Tianjin Medical University General Hospital, Tianjin Neurological Institute, Key Laboratory of Post-Neuroinjury Neuro-Repair and Regeneration in Central Nervous System, Ministry of Education and Tianjin City, Tianjin, China) ,  Liu Boxuan (3Precision Medicine Center, the Second People’s Hospital of Huaihua, Huaihua, China) ,  Liang Wei (3Precision Medicine Center, the Second People’s Hospital of Huaihua, Huaihua, China) ,  Tang Jiefu (4Trauma Center, First Affiliated Hospital of Hunan University of Medicine, Huaihua, China) ,  Xie Yuan (2Key Laboratory of Ministry of Education for Medicinal Plant Resource and Natural Pharmaceutical Chemistry, National Engineering Laboratory for Resource Developing of Endangered Chinese Crude Drugs in Northwest of China, College of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an, China) ,  He Liqun (1Department of Neurosurgery, Tianjin Medical University General Hospital, Tianjin Neurological Institute, Key Laboratory of Post-Neuroinjury Neuro-Repair and Regeneration in Central Nervous System, Ministry of Education and Tianjin City, Tianjin, China) ,  He Liqun (5Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 844544  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 内皮細胞(EC)は,血管の生理学的および病理学的過程において重要な役割を果たす。高スループット技術の開発により,ECのトランスクリプトミクス分析は劇的に増加し,大量の有益なデータが発生した。種々の条件下でのECにおける遺伝子発現の動的パターンを明らかにした。残念なことに,バイオインフォマティクスインフラストラクチャの欠如のため,これらの大規模データセットの再利用は多くの科学者にとって困難である。ここでは,71条件下で新たに分離したマウスECからの203 RNA配列決定試料の系統的再分析,統合および標準化により,統合マウスEC遺伝子発現オムニバス(ECO)を構築した。ECOデータベースは,in vivoでの疾患モデル,遺伝的修飾および臨床的に関連する治療を含む異なる条件下で異なる器官からの内皮発現プロファイルの1クリック検索を可能にする。EC発現プロファイルをユーザフレンドリーバープロットで可視化した。また,共発現遺伝子のための便利な探索ツールを提供した。ECOは,トランスクリプトーム解析のための統合ツールと資源による内皮研究を促進する。ECOデータベースは自由に利用可能である。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  標準化 ,  血管 ,  RNA【核酸】 ,  *遺伝 ,  *遺伝子 ,  *マウス ,  可視化 ,  *内皮 ,  *内皮細胞 ,  *遺伝子発現 ,  病態モデル
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  トランスクリプトーム解析 ,  共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 内皮細胞 ,  遺伝子発現 ,  RNAseq ,  データベース ,  統合

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

引用文献 (27件)：

• BarrettT., TroupD. B., WilhiteS. E., LedouxP., RudnevD., EvangelistaC., et al (2007). NCBI GEO: Mining Tens of Millions of Expression Profiles-Ddatabase and Tools Update. Nucleic Acids Res. 35 (Database issue), D760-D765. doi: 10.1093/nar/gkl887
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• DumasS. J., MetaE., BorriM., LuoY., LiX., RabelinkT. J., et al (2021). Phenotypic Diversity and Metabolic Specialization of Renal Endothelial Cells. Nat. Rev. Nephrol. 17, 441. doi: 10.1038/s41581-021-00411-9
• GoveiaJ., StaporP., CarmelietP. (2014). Principles of Targeting Endothelial Cell Metabolism to Treat Angiogenesis and Endothelial Cell Dysfunction in Disease. EMBO Mol. Med. 6 (9), 1105-1120. doi: 10.15252/emmm.201404156
• HayashizakiY. (2003). The Riken Mouse Genome Encyclopedia Project. C R. Biol. 326 (10-11), 923-929. doi: 10.1016/j.crvi.2003.09.018

タイトルに関連する用語 (4件)： マウス ,  内皮細胞 ,  統合 ,  遺伝子発現