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J-GLOBAL ID：202202228609555826   整理番号：22A0750104

グラム陰性およびグラム陽性Sepsisにおける差次的遺伝子セットプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Differential Gene Sets Profiling in Gram-Negative and Gram-Positive Sepsis

著者 (8件)： Wang Qingliang (1Department of General Surgery, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Li Xiaojie (2Department of Laboratory Medicine, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Tang Wenting (3Department of Molecular Diagnostics, Sun Yat-sen University Cancer Center, Guangzhou, China) ,  Guan Xiaoling (2Department of Laboratory Medicine, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Xiong Zhiyong (1Department of General Surgery, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Zhu Yong (4Department of General Surgery, The Fourth Affiliated Hospital of Anhui Medical University, Hefei, China) ,  Gong Jiao (2Department of Laboratory Medicine, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Hu Bo (2Department of Laboratory Medicine, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou, China)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 12  ページ： 801232  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:細菌性敗血症に対する宿主応答は原因病原体に関係なく非特異的であることが報告されている。しかし,より新しいパラダイムは,グラム陰性敗血症の宿主応答がグラム陽性敗血症と異なることを示し,その差は明確には明らかにされていない。本研究では,ゲノムワイド技術を用いて,異なる遺伝子セットを同定することによって,その差異を調査することを目的とした。方法:訓練データセットGSE6535と検証データセットGSE13015をバイオインフォマティクス分析のために使用した。異なる感染による敗血症の異なる遺伝子セットを,遺伝子セット変異分析(GSVA)と遺伝子セット濃縮分析(GSEA)を使用してスクリーニングした。2つのアルゴリズムに基づく交差遺伝子セットを,Venn分析を通して確認した。最後に,GSE6535とGSE13015の間の共通遺伝子セットを,GSEAによって測定した。【結果】GSE6535における2つの免疫学的遺伝子セットを,GSVAに基づいて同定し,それはグラム陽性,グラム陰性または混合感染に起因する敗血症を識別するために用いることができた。GSVAとGSEAに基づくVenn分析によりGSE6535において合計19の遺伝子セットが得られ,それは分子レベルでのグラム陰性とグラム陽性敗血症の不均一性を明らかにした。検証セットGSE13015の分析によって結果も検証し,GSEAによってデータセットGSE13015とデータセットGSE6535の間で40の共通差異遺伝子セットを同定した。結論:同定された差次的遺伝子セットは,宿主応答がインシティング生物に依存して劇的に異なることを示した。所見は,細菌敗血症の病態生理を研究するための新しい洞察を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  情報科学 ,  データ ,  分析 ,  細菌 ,  生物学 ,  *遺伝子 ,  病原体 ,  敗血症 ,  不均一性 ,  重感染 ,  DNAマイクロアレイ
準シソーラス用語： *Sepsis ,  訓練データ ,  バイオインフォマティクス ,  免疫学 ,  変異解析 ,  宿主免疫応答 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 敗血症 ,  遺伝子セット ,  グラム陽性 ,  グラム陰性 ,  マイクロアレイ解析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

引用文献 (40件)：

• Andrews K., Abdelsamed H., Yi A. K., Miller M. A., Fitzpatrick E. A. (2013). TLR2 Regulates Neutrophil Recruitment and Cytokine Production With Minor Contributions From TLR9 During Hypersensitivity Pneumonitis. PloS One 8 (8), e73143. doi: doi: 10.1371/journal.pone.0073143
• Branger J., Knapp S., Weijer S., Leemans J. C., Pater J. M., Speelman P., et al. (2004). Role of Toll-Like Receptor 4 in Gram-Positive and Gram-Negative Pneumonia in Mice. Infect. Immun. 72 (2), 788-794. doi: doi: 10.1128/iai.72.2.788-794.2004
• Carson W., Salter-Green S. E., Scola M. M., Joshi A., Gallagher K. A., Kunkel S. L. (2017). Enhancement of Macrophage Inflammatory Responses by CCL2 is Correlated With Increased miR-9 Expression and Downregulation of the ERK1/2 Phosphatase Dusp6. Cell Immunol. 314, 63-72. doi: doi: 10.1016/j.cellimm.2017.02.005
• Chinnaiyan A. M., Huber-Lang M., Kumar-Sinha C., Barrette T. R., Shankar-Sinha S., Sarma V. J., et al. (2001). Molecular Signatures of Sepsis: Multiorgan Gene Expression Profiles of Systemic Inflammation. Am. J. Pathol. 159 (4), 1199-1209. doi: doi: 10.1016/S0002-9440(10)62505-9
• Claus R. A., Otto G. P., Deigner H. P., Bauer M. (2010). Approaching Clinical Reality: Markers for Monitoring Systemic Inflammation and Sepsis. Curr. Mol. Med. 10 (2), 227-235. doi: doi: 10.2174/156652410790963358

タイトルに関連する用語 (2件)： 遺伝子 ,  プロファイリング