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J-GLOBAL ID：202202228751123425   整理番号：22A1173018

浅い全ゲノム配列決定:FFPE腫瘍組織でのCNA検出のための分子技術を応用する有用な簡便法-神経膠腫駆動研究【JST・京大機械翻訳】

Shallow whole-genome sequencing: a useful, easy to apply molecular technique for CNA detection on FFPE tumor tissue-a glioma-driven study

著者 (28件)： Van der Eecken Kim (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Van der Eecken Kim (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van der Linden Malaieka (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Van der Linden Malaieka (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van der Linden Malaieka (Center for Medical Genetics, Department of Biomolecular Medicine, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Raman Lennart (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Raman Lennart (Center for Medical Genetics, Department of Biomolecular Medicine, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Creytens David (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Creytens David (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Dedeurwaerdere Franceska (Department of Pathology, AZ Delta, Roeselare, Belgium) ,  De Winne Koen (Department of Pathology, Antwerp University Hospital, Antwerp, Belgium) ,  Ferdinande Liesbeth (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Ferdinande Liesbeth (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Lammens Martin (Department of Pathology, Antwerp University Hospital, Antwerp, Belgium) ,  Menten Bjorn (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Menten Bjorn (Center for Medical Genetics, Department of Biomolecular Medicine, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Rottiers Isabelle (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Rottiers Isabelle (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van Gaever Bram (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Van den Broecke Caroline (Department of Pathology, AZ Sint-Lucas, Ghent, Belgium) ,  Van de Vijver Koen (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Van de Vijver Koen (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van Roy Nadine (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van Roy Nadine (Center for Medical Genetics, Department of Biomolecular Medicine, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Verbeke Sofie (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Verbeke Sofie (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium) ,  Van Dorpe Jo (Department of Pathology, Ghent University, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium) ,  Van Dorpe Jo (Cancer Research Institute (CRIG), Ghent, Belgium)
資料名： Virchows Archiv  (Virchows Archiv)
巻： 480  号： 3  ページ： 677-686  発行年： 2022年 
JST資料番号： W0856A  ISSN： 0945-6317  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コピー数変化(CNAs)は,グリア腫瘍の診断アルゴリズムの一部になっている。CDKN2A/Bのホモ接合欠失,7+/10染色体コピー数変化またはEGFR増幅のような変化は予後不良の予測である。染色体腕1pと19qの共欠失は,典型的に乏突起膠腫と関係し,より好ましい予後を意味する。しかし,蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)である現在の診断標準によるこの共欠失の検出は,時には技術的および解釈問題を受ける。本研究では,安価な相補的分子技術として,浅い全ゲノム配列決定(sWGS)によるCNA検出を評価した。36の神経膠腫組織標本のコホートを,”困難”と”曖昧”事例で濃縮し,sWGS sWGS結果を染色体1pと19qのFISHアッセイと比較した。さらに,膠芽腫診断に関連するCNAsを調査した。4/36サンプルにおいて,EGFR(7p11.2)増幅とCDKN2A/Bのホモ接合損失はsWGSによって同定された。8つのIDH-野生型膠芽腫のうち6つは,予後染色体7/染色体10シグネチャを示した。11/36試料において,局所間質および末端1p/19q変化がsWGSにより検出され,FISHの標的特性が偽腕レベル外挿を促進する可能性があることを意味した。このコホートでは,共欠失のある患者と無い患者の間の全生存の差は,FISH群(診断で0.97の尤度比および再観察で1.79±0.62)と比較して,配列決定に基づく識別(尤度比7.48)により,より顕著であり,sWGSがFISHより正確であることを示唆した。FISHシグナルに対する組織ブロック年齢の悪影響を認めた。さらに,sWGSが,EGFR増幅,染色体7の利得と染色体10の消失,およびCDKN2A/Bのホモ接合損失のような1p/19q状態を超えて関連する異常を明らかにした。本研究によって示した知見は,コピー数検出に,相補的で容易な応用技術としてsWGSの実装を刺激する可能性がある。Copyright The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2022 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 蛍光 ,  染色体 ,  *腫瘍 ,  患者 ,  グリア細胞 ,  *神経膠腫 ,  予後 ,  母集団 ,  野生型 ,  コピー数 ,  EGF受容体 ,  FISH ,  膠芽腫
準シソーラス用語： 乏突起膠腫 ,  予後不良 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： コピー数異常検出 ,  蛍光in situハイブリダイゼーション ,  グリア腫瘍 ,  浅い全ゲノム配列決定 ,  1p/19q共欠失

分類 (2件)： 神経系の腫よう  (GN04000V) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： ゲノム配列 ,  腫瘍組織 ,  CNA ,  分子 ,  応用 ,  簡便法 ,  神経膠腫 ,  研究