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J-GLOBAL ID：202202229071856797   整理番号：22A0845160

Thermotoga maritima EngAに関する分子動力学シミュレーション研究:第二GドメインのGTP/GDP束縛状態はドメイン-ドメイン界面相互作用に影響する【JST・京大機械翻訳】

Molecular dynamics simulation study on Thermotoga maritima EngA: GTP/GDP bound state of the second G-domain influences the domain-domain interface interactions

著者 (2件)： N. Upendra (Department of Studies in Physics, Manasagangotri, University of Mysore, Mysuru, India) ,  S. Krishnaveni (Department of Studies in Physics, Manasagangotri, University of Mysore, Mysuru, India)
資料名： Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (Journal of Biomolecular Structure and Dynamics)
巻： 40  号： 3  ページ： 1387-1399  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5935A  ISSN： 0739-1102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リボソーム成熟の後期段階に関与するGTPアーゼであるEngAは2つのGTP結合ドメイン(Gドメイン)[GD1,GD2]及びC末端ドメインから成る。GドメインにおけるGTP/GDPの組み合わせは,その立体配座を変化させることによりリボソームサブユニットへの結合を指示する。EngAの利用可能な構造に関する研究と比較により,ヌクレオチド結合状態と立体配座の間の相関を理解することができた。全原子分子動力学(MD)シミュレーションを用いて,著者らはGTPとGDPの様々な組合せを結合させて,Thermotoga maritima(TmDer)からのEngAの立体配座挙動を調べた。根平均二乗偏差(RMSD),Gyration(Rg)のRadius,および二乗平均平方根変動(RMSF)の解析は,第2のGドメインヌクレオチド結合状態の重要性を強調する。GTPがGDPと比較してGD2に組み込まれたとき,RMSDとRgはわずかに低い値を示した。これらの低い値は,RMSFプロットから観測されたGD2のSw-IIによる。主成分分析(PCA)と自由エネルギー景観(FEL)分析を用いたGD2ヌクレオチド結合状態の影響に関するさらなる研究は,GD2ヌクレオチド結合状態とGD1-KH界面の間のアロステリック結合を明らかにした。これは,GD1-KH界面での静電相互作用と水素結合の抽出によってさらに検証された。KHドメインのGD1界面でのin silico変異は,反転挙動を示すことによりGD2のSw-II移動度に影響する。これは,抗菌標的として第2のGドメインの使用を示唆し,EngAの異なる種に関するさらなるシミュレーション研究を探索することである。Ramaswamy H.Sarmaによって共用した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自由エネルギー ,  *界面 ,  *シミュレーション ,  水素結合 ,  立体配座 ,  静電相互作用 ,  結合部位 ,  ヌクレオチド結合 ,  リボソーム ,  GTPアーゼ ,  主成分分析 ,  *分子動力学
準シソーラス用語： *Thermotoga ,  *ドメイン構造 ,  *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 分子動力学 ,  GTPアーゼ活性 ,  EngA ,  Thermotoga maritima ,  GD1-KH界面

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子動力学シミュレーション ,  研究 ,  ドメイン ,  GTP ,  GDP ,  束縛状態 ,  界面相互作用