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J-GLOBAL ID：202202229186297737   整理番号：22A0974203

膜ミキサ:不均一生体膜における脂質の効率的シャッフル化のためのツールキット【JST・京大機械翻訳】

Membrane Mixer: A Toolkit for Efficient Shuffling of Lipids in Heterogeneous Biological Membranes

著者 (3件)： Licari Giuseppe (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...) ,  Dehghani-Ghahnaviyeh Sepehr (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...) ,  Tajkhorshid Emad (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 4  ページ： 986-996  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体膜の分子動力学(MD)シミュレーションは,脂質の未解決の構造と種々の特性を予測し,実験データを実証するために一般的に使用される,そのような高度化を達成した。脂質動力学の十分なサンプリングの達成は,脂質サンプリングを改善する一般的な方法であり,例えば,膜会合蛋白質による特異的相互作用の点では,興味ある膜の全体的脂質組成を変えずに,シミュレーションの多重複製における脂質成分の初期配置をランダム化する。ここでは,任意の脂質組成に対して異なる空間および立体配座配置を有する脂質二分子層の多重複製を迅速に生成できる方法を紹介した。望ましいレベルで脂質をシャッフルするのを可能にする基礎となるアルゴリズムは,脂質位置が交換(シャッフル)される前にクラッシュ/エンタングルメントを除去し,それによって急激な脂質再配置によるエネルギーペナルティを最小化する”カーービングポテンシャル”と呼ばれる外部電位の適用に依存する。方法は,様々なオプションとパラメータを設定する際にユーザを手引きする便利なグラフィカルユーザインタフェイスによって,VMDにおける「Membrane Mixer Plugin(MMP)1.0」として実行した。プラグインは完全に自動化され,他の類似のツールよりも,より迅速かつ簡便に新しい膜レプリカを生成する。ここで紹介したプラグインとその能力は,将来のバージョンの付加的特徴を含むように拡張できる。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  シミュレーション ,  相互作用 ,  立体配座 ,  自動化 ,  *脂質 ,  *生体膜 ,  タンパク質 ,  多重化 ,  *応用プログラム ,  分子動力学 ,  ペナルティ ,  GUI【計算機】
準シソーラス用語： *ツールキット ,  プラグイン ,  再配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 生体膜一般  (EF04010G) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： ミキサ ,  不均一 ,  生体膜 ,  脂質 ,  ツールキット