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J-GLOBAL ID：202202229399724667   整理番号：22A1115430

臨床試料の質量分析に基づくプロテオームプロファイリングにおける正規化法の評価【JST・京大機械翻訳】

Assessing normalization methods in mass spectrometry-based proteome profiling of clinical samples

著者 (5件)： Dubois Etienne (Nestle Institute of Food Safety & Analytical Sciences, Nestle Research, EPFL Innovation Park, 1015, Lausanne, Switzerland) ,  Galindo Antonio Nunez (Nestle Institute of Food Safety & Analytical Sciences, Nestle Research, EPFL Innovation Park, 1015, Lausanne, Switzerland) ,  Dayon Loiec (Nestle Institute of Food Safety & Analytical Sciences, Nestle Research, EPFL Innovation Park, 1015, Lausanne, Switzerland) ,  Dayon Loiec (Chemistry and Chemical Engineering Section, School of Basic Sciences, Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, 1015, Lausanne, Switzerland) ,  Cominetti Ornella (Nestle Institute of Food Safety & Analytical Sciences, Nestle Research, EPFL Innovation Park, 1015, Lausanne, Switzerland)
資料名： BioSystems  (BioSystems)
巻： 215-216  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0286B  ISSN： 0303-2647  CODEN： BSYMBO  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大規模なプロテオーム研究は,特に異なる中心から生じ,複数の分析バッチが必要な場合,望ましくない変動性に対処する必要がある。この様な変動性は,ヒト生物学的試料収集と貯蔵,試料調製,スペクトルデータ取得,ペプチドと蛋白質定量から,臨床研究の全ての段階を通して典型的に追加される。そのような多様で望ましくない変動性を除去するために,蛋白質データの正規化を行った。オミクス分野での標準化法を比較するいくつかの出版されたレビューがあるが,質量分析(MS)で生成されたプロテオミクスデータに焦点を当てた報告は,はるかに少ない。さらに,これらの報告の大部分は,小さなデータセットを扱うだけである。事例研究として,ここでは,過体重および肥満汎ヨーロッパコホートから得た大規模MSベースプロテオミクスデータセットの標準化に焦点を当て,異なる正規化法を評価した:中心標準化,分位蛋白質,分位試料,全体的標準化,ComBat,中央値中心,平均中心,単一標準および不要な変動(RUV)の除去;これらの幾つかは一般的な正規化法であり,一方,他はゲノムまたはメタボロームデータを取り扱うために特に作成された。蛋白質および臨床変数(例えば,性別,トリグリセリドまたはコレステロールのレベル)の間の関係を,異なる方法でデータを標準化した後に改善した。等圧タグで標識したヒト血漿試料のこの特定の大規模ショットガンプロテオミクスデータセットにいくつかの正規化法を適用し,液体クロマトグラフィー-タンデムMSで分析した。特に,分位サンプル正規化,RUV,平均および中央値中心は,非常に良い性能を示し,一方,分位蛋白質正規化は,非正規化データで得られたものより,より悪い結果を与えた。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *質量分析 ,  標準化 ,  血漿 ,  ペプチド ,  タンパク質 ,  ヒト ,  ゲノム ,  肥満 ,  試料調製 ,  *臨床医学 ,  *正規化 ,  プロテオミクス ,  *プロテオーム
準シソーラス用語： メタボローム ,  オミックス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 質量分析 ,  標準化 ,  肥満 ,  蛋白質 ,  プロテオミクス ,  タンデム質量タグ ,  定量化

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (5件)： 臨床 ,  試料 ,  質量分析 ,  正規化 ,  評価