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J-GLOBAL ID：202202230344640517   整理番号：22A1025130

Macadamia tetraphyllaの染色体スケール参照ゲノムは脂肪酸生合成への洞察を提供する【JST・京大機械翻訳】

The Chromosome-Scale Reference Genome of Macadamia tetraphylla Provides Insights Into Fatty Acid Biosynthesis

著者 (10件)： Niu Yingfeng (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Li Guohua (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Ni Shubang (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  He Xiyong (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Zheng Cheng (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Liu Ziyan (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Gong Lidan (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Kong Guanghong (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China) ,  Li Wei (2School of Life Sciences, Institute of Life Sciences and Green Development, Hebei University, Baoding, China) ,  Liu Jin (1Yunnan Institute of Tropical Crops, Xishuangbanna, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 835363  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： MacadamiaはProteaceae科に属する常緑樹である。2つの市販マカダミア種,Macadamia integrifoliaおよびM.tetraphyllaは,それらの食用穀粒に対して高度に賞味されている。M.integrifoliaゲノムは最近配列決定されたが,M.tetraphyllaのゲノムはこれまで発表されておらず,この種における生物学的研究および育種の研究を制限している。本研究は,Oxford Nanopore Technology技術およびハイスループット染色体立体配座捕獲技術(Hi-C)に基づくM.tetraphyllaの高品質ゲノム配列を報告する。フローサイトメトリーおよびk-mer分析により,それぞれ740および758Mbサイズ推定に近い51.11Mb N50長さを有する750.87Mbのアセンブリを生成した。ゲノムアノテーションは,ゲノムの61.42%が反復配列からなり,34.95%が長い末端反復レトロトランスポゾンから成ることを示した。31,571の蛋白質コード遺伝子を予測し,そのうち92.59%が機能的に注釈された。平均遺伝子長は,6,055bpであった。比較ゲノム分析は,防御応答,脂質輸送,ステロイド生合成,トリグリセリドリパーゼ活性,および脂肪酸代謝に関連する遺伝子ファミリーがM.tetraphyllaゲノムで拡大していることを明らかにした。4倍同義第三コドン転換の分布は,M.tetraphyllaにおける最近の全ゲノム重複事象を示した。ゲノムおよびトランスクリプトーム解析は,33の重要な油生合成酵素をコードする187の遺伝子を同定し,マカダミア脂質生合成の包括的なマップを示した。さらに,55の同定されたWRKY遺伝子は,他の組織と比較して根において優先的発現を示した。M.tetraphyllaのゲノム配列は,新しい品種育種と農業形質の遺伝的改良のための新たな洞察を提供する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 立体配座 ,  *生合成 ,  *染色体 ,  コドン ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド配列 ,  リパーゼ ,  *ゲノム ,  育種 ,  品種 ,  フローサイトメトリー ,  反復配列 ,  遺伝子重複 ,  レトロトランスポゾン ,  アノテーション
準シソーラス用語： ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Macadamia tetraphylla ,  ナノポア配列決定 ,  Hi-C ,  全ゲノム重複 ,  脂肪酸生合成

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (72件)：

• Ahmad TermiziA., HardnerC., BatleyJ., NockC. J., HayashiS., MontenegroJ., et al (2014). SNP Analysis of Macadamia Integrifolia Chloroplast Genomes to Determine the Genetic Structure of Wild Populations. XXIX Int. Hortic. Congress Hortic. Sustaining Lives 1109, 175-180. doi: 10.17660/actahortic.2016.1109.29
• AkinsanmiO. A., NealJ., DrenthA., ToppB. (2017). Characterization of Accessions and Species ofMacadamiato Stem Infection byPhytophthora Cinnamomi. Plant Pathol. 66, 186-193. doi: 10.1111/ppa.12566
• BairochA., ApweilerR. (2000). The SWISS-PROT Protein Sequence Database and its Supplement TrEMBL in 2000. Nucleic Acids Res. 28, 45-48. doi: 10.1093/nar/28.1.45
• BaoW., KojimaK. K., KohanyO. (2015). Repbase Update, a Database of Repetitive Elements in Eukaryotic Genomes. Mobile Dna 6, 11. doi: 10.1186/s13100-015-0041-9
• BensonG. (1999). Tandem Repeats Finder: a Program to Analyze DNA Sequences. Nucleic Acids Res. 27, 573-580. doi: 10.1093/nar/27.2.573

タイトルに関連する用語 (5件)： 染色体 ,  スケール ,  参照ゲノム ,  脂肪酸生合成 ,  洞察