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J-GLOBAL ID：202202230471744791   整理番号：22A0742344

共進化モデルのための祖先配列再構成【JST・京大機械翻訳】

Ancestral sequence reconstruction for co-evolutionary models

著者 (4件)： Rodriguez-Horta Edwin (Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative-LCQB, CNRS, Institut de Biologie Paris-Seine, Sorbonne Universite, Paris, France) ,  Rodriguez-Horta Edwin (Group of Complex Systems and Statistical Physics and Department of Theoretical Physics, Physics Faculty, University of Havana, CP10400, La Habana, Cuba) ,  Lage-Castellanos Alejandro (Group of Complex Systems and Statistical Physics and Department of Theoretical Physics, Physics Faculty, University of Havana, CP10400, La Habana, Cuba) ,  Mulet Roberto (Group of Complex Systems and Statistical Physics and Department of Theoretical Physics, Physics Faculty, University of Havana, CP10400, La Habana, Cuba)
資料名： Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment  (Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment)
巻： 2022  号： 1  ページ： 013502 (28pp)  発行年： 2022年 
JST資料番号： W5566A  ISSN： 1742-5468  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 先祖配列再構成問題は,現代の集団の測定特性から共通配列祖先の特性の時間における推論である。この問題に対する標準アルゴリズムは,一般的に誤った(例えば,蛋白質およびゲノム配列)配列の特徴の独立(因子化)進化を仮定する。本研究では,大域的共進化モデルによって記述された配列に対するこの問題を研究し,それを構成する要素間の協調相互作用の大域的パターンを再現する。このために,まず,有限木上の多変量Ornstein-Uhlenbeck過程による相関実値特性の時間発展をモデル化した。これは,進化するエンティティに作用する選択力を記述する二次ポテンシャルで進化するGaussベクトルとしてのシーケンスを表す。Bayesフレームワークの下で,著者らはこれらのシーケンスのための再構成アルゴリズムを開発して,著者らの推定の品質を定量化するために解析表現を得た。提案手法をPottsモデルに適用することにより,この形式を離散値シーケンスに拡張した。連続および離散配置の両方に対して,祖先配列を適切に再構成する広範囲のパラメータがあり,種内相関を考慮に入れる必要があることを示した。また,離散要素を持つ配列に対して,この再構成アルゴリズムは独立サイト近似に基づく従来の方式よりも性能が優れていることを示した。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  相互作用 ,  ベクトル ,  タンパク質 ,  ヌクレオチド配列 ,  近似法 ,  *生物進化 ,  再構成 ,  Potts模型 ,  時間発展
準シソーラス用語： コンセンサス配列 ,  *共進化 ,  因子化 ,  ゲノム配列 ,  エンティティ ,  再構成アルゴリズム ,  多変量 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (3件)： 共進化 ,  モデル ,  再構成