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J-GLOBAL ID：202202230822088219   整理番号：22A0411051

TDP-43とRNAの結合相互作用の動力学:等加重マルチスケール弾性ネットワークモデル研究【JST・京大機械翻訳】

Dynamics of binding interactions of TDP-43 and RNA: An equally weighted multiscale elastic network model study

著者 (6件)： Deng Xueqing (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China) ,  Wang Shihao (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China) ,  Han Zhongjie (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China) ,  Gong Weikang (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China) ,  Liu Yang (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China) ,  Li Chunhua (Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing, China)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 90  号： 2  ページ： 589-600  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 選択的スプライシング調節因子であるトランス活性応答DNA結合蛋白質43(TDP-43)は,神経変性疾患の範囲と関連する長いUGリッチRNAを特異的に結合できる。結合RNAにおいて,TDP-43は長いリンカー再配列により連結された2つのRNA認識モチーフ(RRM)で大きな配座転移を受け,RNAとTDP-43の結合親和性を強化した。Gaussネットワークモデル(ewmGNM)と異方性ネットワークモデル(ewmANM)を含む等しく重み付けしたマルチスケール弾性ネットワークモデル(ewmENM)を,TDP-43とRNAの結合相互作用の動力学の特性化に対して考慮した相互作用のマルチスケール効果と共に拡張した。結果は,RNA結合により,柔軟性の消失が,正に荷電した残基と高柔軟性のC末端に富むTDP-43のループ3セグメントに生じ,それらのアンカーRNA,誘導適合,およびRNA認識における立体配座調節の役割を示唆する。さらに,移動結合分析に基づいて,RNA結合は,RNA結合界面を安定化し,RNA結合効率を促進するリンカー仲介の役割を介して,RRMβシートとRRM間の相互作用を強化することを見出した。さらに,ewmGNMと組み合わせた提案した熱力学サイクル法を用いて,摂動が結合自由エネルギーの大きな変化を誘発するRNA結合の重要な残基を同定した。特異的結合に重要な残基だけでなく,RRM間の立体配座再配列に重要なものを同定し,分子動力学シミュレーションも行い,ENMに基づく結果を検証し,さらに解釈した。この研究は,蛋白質-RNA相互作用動力学特性を検討するため,ewmENMを利用する有用な方法を示す。Copyright 2022 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  立体配座 ,  配座転移 ,  *RNA【核酸】 ,  β構造 ,  摂動 ,  DNA結合タンパク質
準シソーラス用語： リンカ ,  結合親和性 ,  C末端 ,  *ネットワークモデル ,  分子動力学シミュレーション ,  RNA結合 ,  残基 ,  誘導適合 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 結合動力学 ,  ewmENM ,  重要な残渣 ,  TDP-43-RNA相互作用

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (9件)： TDP-43 ,  RNA ,  相互作用 ,  動力学 ,  加重 ,  マルチスケール ,  弾性 ,  ネットワークモデル ,  研究