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J-GLOBAL ID：202202230827832593   整理番号：22A0727005

細胞スケール膜エンベロープの集合と解析【JST・京大機械翻訳】

Assembly and Analysis of Cell-Scale Membrane Envelopes

著者 (5件)： Vermaas Josh V. (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...) ,  Vermaas Josh V. (Biosciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Colorado, United States) ,  Mayne Christopher G. (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...) ,  Shinn Eric (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...) ,  Tajkhorshid Emad (Theoretical and Computational Biophysics Group, NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, Department of Biochemistry, and Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, Ill...)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 62  号： 3  ページ： 602-617  発行年： 2022年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： exascale計算に対するmarchは,例えば,小細菌セルと整合する約10億の原子シミュレーションサイズのスケールで,全ウイルス粒子のシミュレーション,例えば全ウイルス粒子のシミュレーションを可能にする,より複雑でより複雑な系のルーチン分子シミュレーションを可能にするであろう。実験的構造生物学におけるこの種の研究および並列化の進歩を可能にする将来のハードウェア能力の予測は,現在,セル規模構造を構築するためのソフトウェアツール,手順およびワークフローの開発を進行中である。ここでは,細胞規模の膜エンベロープの構築および膜蛋白質の埋め込みのための効率的でロバストなワークフローの開発および実施における著者らの努力を述べた。このシミュレーション中に安定な大規模膜構造の構築のための新しいアプローチを,シミュレーションシステムに連続分子を加えるよりも,体積基準に基づく重複要素を除去する,構造連結ツール(高速機)の開発と組み合わせた減算組立技術を実装する上で構築する。このアプローチを用いて,細胞膜を表すMARTINI粗粒ビーズからなる2つの「プロトセル」を構築し,細胞オルガネラのサイズ及び小細菌細胞のサイズを示した。ここで構築した膜エンベロープは,分子動力学シミュレーション中に全体的に残り,特定の蛋白質のみを通して水フラックスを示し,タイトな細胞様膜区画の作成における著者らの方法論の成功を示した。これらの細胞-スケール構造の拡張シミュレーションは,細胞表面の蛋白質ミクロクラスタの形成をもたらす隣接膜蛋白質間の非特異的相互作用の傾向を明らかにし,シミュレーションのスケールによってユニークに可能になった。ここで示した経験と最良の実践は,細胞の機能に必須な可溶性蛋白質,核酸,および小分子の添加に取組む予定である細胞規模モデルの次世代の基盤を形成するであろうと予想する。Copyright 2022 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： シミュレーション ,  相互作用 ,  計算機シミュレーション ,  細菌 ,  細胞膜 ,  タンパク質 ,  膜タンパク質 ,  モデル ,  オルガネラ ,  ハードウェア ,  *エンベロープ ,  小分子 ,  ロバスト性 ,  ビリオン ,  マイクロクラスタ
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 細胞 ,  スケール ,  エンベロープ ,  集合 ,  解析