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J-GLOBAL ID：202202232126213121   整理番号：22A0696423

精製3-in-1融合蛋白質類似性測定:閾値フリーハブ検出への応用【JST・京大機械翻訳】

A Refined 3-in-1 Fused Protein Similarity Measure: Application in Threshold-Free Hub Detection

著者 (3件)： Acharya Sudipta (College of Computer Science and Software Engineering, Shenzhen University, Shenzhen, PR China) ,  Cui Laizhong (College of Computer Science and Software Engineering, Shenzhen University, Shenzhen, PR China) ,  Pan Yi (Department of Computer Science, Georgia State University, Atlanta, GA, USA)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 19  号： 1  ページ： 192-206  発行年： 2022年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 網羅的文献調査により,蛋白質/遺伝子類似性の発見が蛋白質-蛋白質相互作用の予測,蛋白質-蛋白質相互作用ネットワーク(PPIN),遺伝子優先順位付け,及び疾患遺伝子/蛋白質検出のような広範なバイオインフォマティクス問題を解決する重要な段階であることを示した。本稿では,FuSim-IIと呼ばれる改良3-in-1融合蛋白質類似性測定を提案した。それは,遺伝子オントロジー(GO),PPIN,および蛋白質配列のような3つの潜在的ゲノム/プロテオミクス資源から抽出した生物学的知識の加重平均を結合することによって構築される。さらに,与えられたPPINからの潜在的ハブ蛋白質の検出における提案測度の適用を示した。これに狙いを定めて,著者らは,基本的な近接測度として動作するFuSim-IIによる多目的クラスタリングベースの蛋白質ハブ検出フレームワークを提案した。HのPPINs。SapiensとM.Musculus生物を実験目的のために選択した。既存のハブ検出法のほとんどと異なり,提案技法は,ハブを定義するために,任意の蛋白質度カットオフまたは閾値を追跡する必要はない。8つの単一/多目的クラスタリング法とともに,提案と既存の8つの蛋白質類似性尺度の間の効率の徹底的な評価を実施した。SilhouetteとDavies Bordin(DB)のような内部クラスタ妥当性指数を,分析研究を達成するために展開した。また,提案と5つの既存のハブ-蛋白質検出アルゴリズムの比較性能解析を,本質的研究の濃縮を通して行った。報告した結果は,機能的に関連する蛋白質および関連するハブ蛋白質の同定に関して,既存の蛋白質類似性測定に対するFuSim-IIの改善された性能を示した。補足材料はhttp://csse.szu.edu.cn/staff/cuilz/eng/index.htmlで利用可能である。Copyright 2022 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *閾値 ,  測度 ,  ネットワーク ,  アミノ酸配列 ,  遺伝子 ,  *タンパク質 ,  ゲノム ,  検出法 ,  性能分析 ,  *融合タンパク質 ,  文献調査 ,  オントロジー ,  プロテオミクス
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  蛋白質間相互作用 ,  遺伝子オントロジー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (6件)： 精製 ,  融合蛋白質 ,  類似性測定 ,  閾値 ,  ハブ ,  応用