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J-GLOBAL ID：202202232370242549   整理番号：22A1025222

バイオインフォマティクス分析に基づく胃癌のための潜在的診断および予後バイオマーカーの同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Potential Diagnostic and Prognostic Biomarkers for Gastric Cancer Based on Bioinformatic Analysis

著者 (6件)： Niu Xiaoji (1Department of Gastroenterology of Traditional Chinese Medicine, Qinghai Province Hospital of Traditional Chinese Medicine, Xining, China) ,  Niu Xiaoji (2Department of Pathology, Yueyang Hospital of Integrated Traditional Chinese and Western Medicine, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai, China) ,  Ren Liman (3Department of Endocrinology, Qinghai Province Hospital of Traditional Chinese Medicine, Xining, China) ,  Hu Aiyan (2Department of Pathology, Yueyang Hospital of Integrated Traditional Chinese and Western Medicine, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai, China) ,  Zhang Shuhui (2Department of Pathology, Yueyang Hospital of Integrated Traditional Chinese and Western Medicine, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai, China) ,  Qi Hongjun (1Department of Gastroenterology of Traditional Chinese Medicine, Qinghai Province Hospital of Traditional Chinese Medicine, Xining, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 13  ページ： 862105  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:胃癌(GC)は世界中で最も一般的な癌の一つである。GCの分子機構は不明であり,よく理解されていない。GC症例は後期段階で主に診断され,予後不良をもたらす。分子生物学技術の進歩は,正確な分子機構のより良い理解を得ることを可能にし,GCの発癌と進行における重要な遺伝子の同定を可能にする。方法:本研究は,GCと正常胃組織の間の差次的発現遺伝子(DEG)をスクリーニングするためにGEOデータベースからのデータセットを使用した。GOとKEGG濃縮を利用してDEGの機能を分析した。STRINGデータベースとサイトスコープソフトウェアを適用して,蛋白質-蛋白質ネットワークを生成し,ハブ遺伝子を発見した。ハブ遺伝子の発現レベルをTCGAデータベースからのデータを用いて評価した。生存分析を行い,ハブ遺伝子の予後値を評価した。GEPIAデータベースは,重要な遺伝子発現を病理学的ステージと相関させるのに関与した。また,ROC曲線を構築し,主要遺伝子の診断値を評価した。結果:3つのGEOデータセットを用いて合計607のDEGを同定した。GO分析は,DEGが主に細胞外構造およびマトリックス組織,コラーゲン線維組織,細胞外マトリックス(ECM)およびインテグリン結合に富んでいることを示した。KEGG濃縮は主に蛋白質消化と吸収,ECM-受容体相互作用,および焦点接着に富んでいた。15の遺伝子はハブ遺伝子として同定され,その1つは腫瘍と正常組織の間の有意な発現のために除外されなかった。COL1A1,COL5A2,P4HA3,およびSPARCはGCの予後と診断において高い値を示した:著者らはGCの診断と予後のためのバイオマーカーとしてCOL1A1,COL5A2,P4HA3,およびSPARCを示唆する。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *情報科学 ,  データベース ,  *生物学 ,  遺伝子 ,  発癌 ,  ソフトウェア ,  機構 ,  *予後 ,  遺伝子発現 ,  *胃腫瘍 ,  細胞外マトリックス ,  インテグリン ,  *バイオマーカー
準シソーラス用語： 予後不良 ,  *バイオインフォマティクス ,  分子機構 ,  KEGG ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 胃癌 ,  バイオインフォマティクス解析 ,  マイクロアレイ ,  差次的発現遺伝子 ,  予後 ,  診断

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (53件)：

• AjaniJ. A., LeeJ., SanoT., JanjigianY. Y., FanD., SongS. (2017). Gastric Adenocarcinoma. Nat. Rev. Dis. Primers 3 (1), 17036. doi: 10.1038/nrdp.2017.36
• ArmstrongT., PackhamG., MurphyL. B., BatemanA. C., ContiJ. A., FineD. R., et al (2004). Type I Collagen Promotes the Malignant Phenotype of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. Clin. Cancer Res. 10 (21), 7427-7437. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-03-0825
• BandettiniW. P., KellmanP., ManciniC., BookerO. J., VasuS., LeungS. W., et al (2012). MultiContrast Delayed Enhancement (MCODE) Improves Detection of Subendocardial Myocardial Infarction by Late Gadolinium Enhancement Cardiovascular Magnetic Resonance: A Clinical Validation Study. J. Cardiovasc. Magn. Reson. 14 (1), 83. doi: 10.1186/1532-429X-14-83
• BarrettT., WilhiteS. E., LedouxP., EvangelistaC., KimI. F., TomashevskyM., et al (2013). NCBI GEO: Archive for Functional Genomics Data Sets-Update. Nucleic Acids Res. 41 (D1), D991-D995. doi: 10.1093/nar/gks1193
• ChenY., ChenW., DaiX., ZhangC., ZhangQ., LuJ. (2020). Identification of the Collagen Family as Prognostic Biomarkers and Immune-Associated Targets in Gastric Cancer. Int. Immunopharmacol. 87, 106798. doi: 10.1016/j.intimp.2020.106798

タイトルに関連する用語 (7件)： バイオインフォマティクス ,  分析 ,  胃癌 ,  診断 ,  予後 ,  バイオマーカー ,  同定