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J-GLOBAL ID：202202233400707167   整理番号：22A1051189

DNAとRNA配列決定による非小細胞肺癌における非標準RET融合の同定と検証【JST・京大機械翻訳】

Identification and Validation of Noncanonical RET Fusions in Non-Small-Cell Lung Cancer through DNA and RNA Sequencing

著者 (7件)： Xiang Chan (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Guo Lianying (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Zhao Ruiying (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Teng Haohua (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Wang Yulu (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Xiong Liwen (Department of Pulmonary Medicine, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Han Yuchen (Department of Pathology, Shanghai Chest Hospital, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China)
資料名： Journal of Molecular Diagnostics  (Journal of Molecular Diagnostics)
巻： 24  号： 4  ページ： 374-385  発行年： 2022年 
JST資料番号： W3144A  ISSN： 1525-1578  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RET融合は,非小細胞肺癌における標的化可能なドライバーとして浮上している。本研究では,DNA[DNA配列決定(DNA-seq)]とRNA[RNA配列決定(RNA-seq)]レベルでのRET融合の比較解析を行った。DNAレベル非標準RET融合を有する54人の非小細胞肺癌患者からの切除された腫瘍サンプルを,RNA-seqのために選択した。RNA-seqは,品質管理を通過した44の試料の41でRET融合転写物を同定した。RET3′末端融合を有する症例のサブセットにおいて,フレーム内蛋白質(A群;n=33)を産生すると予測した場合,RNA-seqは32(96.9%)で同じ3′末端融合を同定した。32の総計26は,転写されないDNA-seqによって検出される逆RET5′-末端融合も有した。DNAレベルのフレーム外RET融合(群B;n=9)を有するサブセットにおいて,RNA-seqは8例(88.9%)でフレーム内RET融合転写物を同定した。DNA-seq(C群;n=2)によるRET5′-末端融合で同定されたサブセットにおいて,RNA-seqは1症例において対応する3′-末端融合を検出した。グループBで観察された不一致DNA-およびRNA-レベル融合は,複雑なゲノム再配列事象および転写または転写後過程により仲介される可能性がある。結論として,DNA-seqはフレーム内RET融合の検出において96.9%の高い一致を示したが,RNA-seqと比較してフレーム外RET融合とRET5′-末端融合の検出に関して低い一致を示した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 品質管理 ,  解析 ,  *DNA【核酸】 ,  *RNA【核酸】 ,  腫瘍 ,  タンパク質 ,  転写【遺伝】 ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝学実験技術 ,  ターゲティング ,  *非小細胞肺癌
準シソーラス用語： DNA配列 ,  ゲノム再編成 ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  呼吸器の腫よう  (GI04000G) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (8件)： DNA ,  RNA ,  非小細胞肺癌 ,  標準 ,  RET ,  融合 ,  同定 ,  検証