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J-GLOBAL ID：202202233612292053   整理番号：22A1027222

SBMLレベル3-Compパッケージによる新しいモジュールモデル化のための事例研究としての蛋白質劣化に基づくNOTゲート【JST・京大機械翻訳】

NOT Gates Based on Protein Degradation as a Case Study for a New Modular Modeling via SBML Level 3-Comp Package

著者 (2件)： Abraha Biruck Woldai (School of Pharmaceutical Science and Technology, Tianjin University, Tianjin, China) ,  Marchisio Mario Andrea (School of Pharmaceutical Science and Technology, Tianjin University, Tianjin, China)
資料名： Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web)  (Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (Web))
巻： 10  ページ： 845240  発行年： 2022年 
JST資料番号： U7059A  ISSN： 2296-4185  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 2008年に,著者らは,電子回路がin silicoで実現されるように,合成遺伝子回路の視覚設計とモジュールモデリングのための方法を提案した。基本成分は,Drew Endyによって示唆されたように,最初に転写単位(TUs)に構成され,次いでPoPS(ポリメラーゼ/秒)とRiPS(リボソーム/秒)のような分子のフラックスを交換することにより,DNA配列であった。しかし,このようなフラックスが測定できないのは,生物系を表すエレクトロニクスからいくつかの概念を用いることの限界を強調した。CompパッケージによるSBMLレベル3は,特に真核生物ネットワークのモデリングのために,回路モジュール性を修正することができた。libSBML Python APIを用いて,単一部分よりもTUsは,種,反応,およびポート,すなわち,ワイヤTUを回路に許すインタフェイスを含むSBMLレベル3ファイルに符号化された。回路モデルは,回路構造を描写する「メイン」ファイルと,異なるTUsに関連したSBMLレベル3ファイルの収集から成る。この枠組みの中で,分子のいかなるフラックスも必要でない。ここでは,蛋白質分解のための細菌ClpX-ClpP系の酵母Saccharomyces cerevisiaeにおいて使用するBoole NOTゲートのSBMLレベル3ベースモデルおよびウエットラボ実装を提示した。本研究は,真核生物遺伝子回路のモジュール設計のためのソフトウェアの新しい部分に対する出発点であり,遺伝的Booleゲートを構築するための代替法を示す。Copyright 2022 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ネットワーク ,  細菌 ,  遺伝 ,  酵母 ,  *タンパク質 ,  転写【遺伝】 ,  *モデリング ,  電子技術 ,  リボソーム ,  ソフトウェア ,  Saccharomyces cerevisiae ,  真核生物 ,  *事例研究
準シソーラス用語： in silico ,  Python , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： SBMLレベル3 ,  S.cerevisiae ,  ClpP-ClpX ,  蛋白質分解 ,  ブールゲート

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (29件)：

• BakerT. A., SauerR. T. (2012). ClpXP, an ATP-Powered Unfolding and Protein-Degradation Machine. Biochim. Biophys. Acta (Bba) - Mol. Cel Res. 1823 (1), 15-28. doi: 10.1016/j.bbamcr.2011.06.007
• BlinovM. L., FaederJ. R., GoldsteinB., HlavacekW. S. (2004). BioNetGen: Software for Rule-Based Modeling of Signal Transduction Based on the Interactions of Molecular Domains. Bioinformatics 20 (17), 3289-3291. doi: 10.1093/bioinformatics/bth378
• BornsteinB. J., KeatingS. M., JourakuA., HuckaM. (2008). LibSBML: an API Library for SBML. Bioinformatics 24 (6), 880-881. doi: 10.1093/bioinformatics/btn051
• CheeM. K., HaaseS. B. (2012). New and Redesigned pRS Plasmid Shuttle Vectors for Genetic Manipulation of Saccharomyces cerevisiae. G3 (Bethesda) 2 (5), 515-526. doi: 10.1534/g3.111.001917
• ChoiK., MedleyJ. K., KönigM., StockingK., SmithL., GuS., et al (2018). Tellurium: An Extensible Python-Based Modeling Environment for Systems and Synthetic Biology. Biosystems 171, 74-79. doi: 10.1016/j.biosystems.2018.07.006

タイトルに関連する用語 (7件)： COMP ,  パッケージ ,  モジュール ,  モデル化 ,  研究 ,  蛋白質 ,  ゲート