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J-GLOBAL ID：202202234049546649   整理番号：22A0732204

トランスオミクス解析は続発性進行性多発性硬化症における全生存に関連する重要なエピジェネティック遺伝子を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Trans-omics analyses revealed key epigenetic genes associated with overall survival in secondary progressive multiple sclerosis

著者 (11件)： Ye Fei (Department of Neurology, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Ye Fei (Guangdong Provincial Key Laboratory of Diagnosis and Treatment of Major Neurological Diseases, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Dai Yuanyuan (Guangdong Provincial Key Laboratory of Diagnosis and Treatment of Major Neurological Diseases, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Dai Yuanyuan (Department of Neurology, The Seventh Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Shenzhen, China) ,  Wang Tianzhu (Department of Neurology, The First Affiliated Hospital of Chongqing Medical University, Chongqing, China) ,  Liang Jie (Department of Neurology, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Liang Jie (Guangdong Provincial Key Laboratory of Diagnosis and Treatment of Major Neurological Diseases, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Wu Xiaoxin (Department of Neurology, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Lan Kai (Department of Anesthesiology, Troops 32268 Hospital, Dali, China) ,  Sheng Wenli (Department of Neurology, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China) ,  Sheng Wenli (Guangdong Provincial Key Laboratory of Diagnosis and Treatment of Major Neurological Diseases, The First Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China)
資料名： Journal of Neuroimmunology  (Journal of Neuroimmunology)
巻： 364  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： D0807B  ISSN： 0165-5728  CODEN： JNRIDW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 続発性進行性多発性硬化症(SPMS)は多発性硬化症(MS)の2番目に一般的な提示であり,再発の有無にかかわらず徐々に悪化している疾患を特徴とする。再発寛解MS(RRMS)患者の約80%は,20年以内にSPMSを発症する。疫学的研究は,MS患者の平均7年平均余命減少(進行性サブタイプにおいてより重度)を明らかにした。研究は,SPMSの神経変性病因に焦点を合わせた。そして,後成的変化は神経変性疾患における疾患進行と関連する。しかし,後成的変化とSPMSの間の関連の証拠は少ない。したがって,本研究では,SPMSにおける重要なエピジェネティック遺伝子を同定することを目的とした。遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースからDNAメチル化と遺伝子発現マトリックスをダウンロードした。SPMS患者における全生存(OS)と関連する重要なエピジェネティック遺伝子を同定するために,生物情報学分析を用いた。SPMSと対照GSE40360データセットの間の49の差次的メチル化位置(DMP)を見出した。64のメチル化遺伝子を得るためにwANNOVARサーバを使用した。ネットワークAnalystプラットフォームにおける遺伝子発現データセット(GSE131282とGSE135511)を併合し,Fisher法,固定効果モデル,Vote計数,および直接併合法を用いて,SPMSと対照の間の12,442の差次的発現遺伝子(DEG)を見出した。さらに,SPMS患者のDMPとDEGの統合分析後に21のエピジェネティック遺伝子(すべてのハイパーメチル化)を同定した。LASSO-Cox法に基づき,6つの高メチル化遺伝子(ITGA6,PPP1R16B,RNF126,ABHD8,FOXK1,およびSLC6A19)を含むSPMS患者のOSに関連するエピジェネティック遺伝子シグネチャを確立した。計算した個々のリスクスコアはOssと関連し,平均カットオフ値に基づいて患者を高リスク群と低リスク群に分けた。6つの重要なエピジェネティック遺伝子は,Spearman相関分析による死亡時の性別,疾患期間,および年齢と有意に関連していた。加えて,生存分析は,高リスク群と低リスク群の間で有意なOS差を明らかにした。ROC曲線はこの予測モデルに対して良好な性能を示した。DNAメチル化と遺伝子発現データセットの統合解析により,SPMS患者の21の過メチル化遺伝子を同定した。良好な精度で個々のOSを予測する6エピジェネティック遺伝子シグネチャを同定した。これら結果は,後成的修飾がSPMSの疾患進行で重要な役割をすることを示した。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  ネットワーク ,  メチル化 ,  *遺伝子 ,  死 ,  病状経過 ,  遺伝子発現 ,  *多発性硬化症 ,  再発 ,  病因 ,  予測モデル ,  *エピジェネティクス
準シソーラス用語： 疾患進行 ,  神経変性 ,  DNAメチル化 ,  バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 神経系の疾患  (GN03000O) ,  免疫性疾患・アレルギー性疾患一般  (GD04010C) ,  神経系の診断  (GN02000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： トランスオミクス ,  解析 ,  進行性多発性硬化症 ,  生存 ,  エピジェネティック ,  遺伝子