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J-GLOBAL ID：202202234103096531   整理番号：22A0947622

口腔扁平上皮癌の推定バイオマーカーを同定するための無標識血漿プロテオミクス【JST・京大機械翻訳】

Label-free plasma proteomics for the identification of the putative biomarkers of oral squamous cell carcinoma

著者 (16件)： Gautam Shashyendra Singh (Toxicokinetics Laboratory/Analytical Chemistry Laboratory, Regulatory Toxicology Group, CSIR-Indian Institute of Toxicology Research (CSIR-IITR), Lucknow 226001, India) ,  Gautam Shashyendra Singh (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad 200102, India) ,  Gautam Shashyendra Singh (Biocon- Bristol-Myers Squibb Research Centre, Syngene International Ltd, Bangalore 560100, India) ,  Singh Raghwendra Pratap (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad 200102, India) ,  Singh Raghwendra Pratap (Immunology Laboratory, CSIR-Institute of Microbial Technology (CSIR-IMTECH), Sector 39 A, Chandigarh, India) ,  Karsauliya Kajal (Toxicokinetics Laboratory/Analytical Chemistry Laboratory, Regulatory Toxicology Group, CSIR-Indian Institute of Toxicology Research (CSIR-IITR), Lucknow 226001, India) ,  Sonker Ashish Kumar (Toxicokinetics Laboratory/Analytical Chemistry Laboratory, Regulatory Toxicology Group, CSIR-Indian Institute of Toxicology Research (CSIR-IITR), Lucknow 226001, India) ,  Sonker Ashish Kumar (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad 200102, India) ,  Reddy Panga Jaipal (Institute for Systems Biology, 401 Terry Ave N, Seattle, WA, 98109, USA) ,  Mehrotra Divya (Department of Oral and Maxillofacial Surgery, Faculty of Dental Sciences, KGMU, Lucknow, UP, India) ,  Gupta Sameer (Department of surgical oncology, KGMU, Lucknow, UP, India) ,  Singh Sudhir (Department of radiotherapy, KGMU, Lucknow, UP, India) ,  Kumar Rashmi (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad 200102, India) ,  Kumar Rashmi (Immunology Laboratory, CSIR-Institute of Microbial Technology (CSIR-IMTECH), Sector 39 A, Chandigarh, India) ,  Singh Sheelendra Pratap (Toxicokinetics Laboratory/Analytical Chemistry Laboratory, Regulatory Toxicology Group, CSIR-Indian Institute of Toxicology Research (CSIR-IITR), Lucknow 226001, India) ,  Singh Sheelendra Pratap (Academy of Scientific and Innovative Research (AcSIR), Ghaziabad 200102, India)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 259  ページ： Null  発行年： 2022年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析に基づく無標識プロテオミクスは,癌に対するバイオマーカーを同定し,定量するための興味ある分析ツールになっている。世界的に主要な癌の一つである口腔扁平上皮癌(OSCC)は,早期予後と診断のためのバイオマーカーを欠いている。本研究は,無標識質量分析プロテオミクスアプローチを用いて,インドOSCCヒト患者の血漿プロテオームをプロファイリングした。本研究は,蛋白質の無標識定量のために,3つの最も広く使用されたデータ分析ソフトウェアMaxQuant(MQ),Protemome Designer(PD),およびTransプロテオミクスパイプライン(TPP)を初めて利用した。本研究は,OSCCのシグネチャ蛋白質パネルとして使用できる16の蛋白質を同定した。経路分析は,疾患進行を示す主要な経路として,免疫系の優勢な関与を示した。ネットワーク分析は,フィブロネクチンとC反応性蛋白質の最大相互作用を示した。本研究は,血漿蛋白質がOSCCの推定バイオマーカーとして使用できるシグネチャを含むことを示した。無標識定量と機構分析に基づいて,C反応性蛋白質,炭酸アンヒドラーゼ-1,およびフィブロネクチンをOSCCの推定バイオマーカーとして同定した。これらの知見が大規模コホートで検証されると,これらの蛋白質シグネチャはOSCCのバイオマーカーとして使用できる。口腔扁平上皮癌(OSCC)は世界で18番目に多い悪性腫瘍であり,インドでは第2位である。疾患状態を示すバイオマーカーはない。インドのOSCC患者の唾液と腫瘍について様々な研究が行われているが,血漿をプロファイル化した研究はない。疾患状態を示すことができる血漿蛋白質のパネルを生成するインド人集団で初めて無標識アプローチを利用した。本研究は,OSCCに対する推定バイオマーカーとして,炭酸アンヒドラーゼ1,C反応性蛋白質およびフィブロネクチン蛋白質を同定した。本研究では,ラベルフリー量子化(LFQ),すなわちMaxQuant,Proteme Discover,およびTransプロテオミクスパイプラインに対して,3つの最も広く使用されたソフトウェアを利用することによって,署名パネルを得た。LFQに対する3つのソフトウェアの利用はバイアスを低減し,蛋白質の包括的なリストを提供した。すべての差異蛋白質をそれらの生物学的関連性のために機構的に研究し,経路とネットワーク分析を実施した。この研究は,疾患の進行に関わる蛋白質の理解を増加する助けになる。母集団の大規模コホートにおける血漿と共に全体液からの蛋白質のパネルを研究することは,より大きな深さにおける疾患の理解を助け,OSCCの関連バイオマーカーの同定を助ける。Copyright 2022 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 質量分析 ,  相互作用 ,  *血漿 ,  タンパク質 ,  ヒト ,  ソフトウェア ,  患者 ,  予後 ,  母集団 ,  *標識法 ,  フィブロネクチン ,  *バイオマーカー ,  *プロテオミクス ,  プロテオーム
準シソーラス用語： 悪性腫瘍 ,  *無標識 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 液体クロマトグラフィー-質量分析 ,  プロテオミクス ,  バイオマーカー ,  口腔へん平上皮癌 ,  無標識定量

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 口腔扁平上皮癌 ,  推定 ,  バイオマーカー ,  同定 ,  無標識 ,  血漿 ,  プロテオミクス